日喀则海拔
平均海拔在4000米以上。日喀则大体处于
喜马拉雅山系中段与冈底斯-念青唐古拉山中段之间，南北地势较高，其间为
藏南高原和雅鲁藏布江流域。日喀则地形复杂多样，基本上由高山、宽谷和湖盆组成。
横亘全境南部的喜马拉雅山是世界上最年轻最高大的山系，平均海拔在6000米以上，高峰林立，万山丛生。在日喀则8000米以上的山峰有5座，即
珠穆朗玛峰、洛子峰(8516米)、马卡鲁峰(8463米)、卓奥友峰(8201米)、希夏邦玛峰(8012米)。其中位于日喀则与
尼泊尔边界上的珠穆朗玛峰是
世界第一高峰，海拔8848.13米，雄居世界之巅，昂首俯视群山，还有7000米以上的高峰14座。此外，还有卡如拉、加措拉、马拉、仲拉、拉吉、马热拉等众多高山。
藏南谷地上段的雅鲁藏布江和年楚河流域的河谷平原，主要由拉孜——仁布宽谷和江孜——日喀则平原组成。另有
喜玛拉雅山脉北侧、藏南高原上的朋曲河谷平原以及其一些零星的河谷平原。这些谷地坡度平缓，土层深厚，气候宜人，水源较充足。
日喀则有河流100余条，西藏第一大河雅鲁藏布江发源于
日喀则市仲巴县杰马央宗冰川，由西向东流经仲巴、萨嘎、吉隆、昂仁、拉孜、萨迦、谢通门、日喀则、南木林、仁布等10县，境内长度为700公里，流域面积10万多平方公里。年楚河是另一条重要的河流，发源于康马县，经江孜、白朗在日喀则汇入雅鲁藏布江。其他还有朋曲河、多雄藏布、仲曲河、绒河、叶如河、康布河、吉隆河等等，除少数内流河外，均属印度洋水系。河流水源由地下水、雨水和冰雪融水补给，水温偏低，含沙量小，水质好。径流季节分配不均，年季变化小。