郴州市科学技术协会的组织架构主要包括其机关部门，具体设有三个核心部门：办公室、学会工作部以及普及工作部。这些部门负责科协的日常管理和执行工作。
在市科协的下属机构中，尤为值得一提的是市科学馆，它同时挂有市青少年科技中心的牌子，承担着科技教育和普及的任务。此外，还有市科技培训中心和市科技咨询中心，为社会提供专业科技培训和咨询服务。
在人员配置上，市科协机关及二级机构总共有37名工作人员。其中，9人按照国家公务员管理模式进行管理，其余28人为事业性质的职员。另外，还有23名离退休干部职工为协会提供了宝贵的经验支持。
在教育背景方面，大部分员工拥有大专及以上学历，共有25人，而高中或中专学历的有10人，初中及以下学历的较少，仅有2人。在技术职称方面，高级职称2人，中级职称6人，初级职称12人，显示出协会人才队伍的专业素质。