第一，教育的性质不一样
双证在职博士是学历教育，毕业可以获得毕业证书和博士学位证书，然而单证在职博士属于非学历教育，完成规定课程和论文答辩后只能获得博士学位证书，没有毕业证书。虽然说两种的区别最大的就是证书上面，但是不管是报考单证在职博士还是双证在职博士，证书的含金量都是高的都是被国家社会认可的。
第二，考试的难度
报考单证在职博士的考试难度低，这也是受到许多在职人员的喜爱，入学要求低，可以不用参加入学考试，也不列入国家的招生计划，其作用主要是评定职称，属于非学历教育，考生们只需要参加简单的面试，被院校录取后开始学习，单证在职博士课程学习时间不是很长，而且授课时间大都被安排在了节假日，最后的论文可以不用交给学校，属于个人的东西。而报考双证在职博士的考试难度会比单证的要难，毕业时需要参加论文答辩的。
第三，考试的形式
双证在职博士的考试是学校自主命题，自主录取，人才选拔的标准每个大学各不相同，需要考生参加并通过学校组织的博士入学考试；通过复试，复试包含英语口试、面试。