辅佐细胞可通过多种方捕获抗原，例如吞噬作用（对同种细胞或细菌等大型颗粒）和胞饮作用（对病毒等微小颗粒或大分子）等。这种吞噬和吞饮作用无抗原特异性，可能的识别机制在于吞噬细胞与被吞噬颗粒之间的表面亲水性差异。
另外还有受体介导的内摄作用，这是弱吞噬力的辅佐细胞捕获抗原的主要方式，例如B细胞可借助抗原受体（表面免疫球蛋白）与相应的抗原特异性结合，并将抗原内化处理。这些捕获方式与中性粒细胞的吞噬作用。抗原与抗体的特异性结合要看抗原分子的抗原表位（又称抗原决定簇）。有的抗原仅一个决定簇，这样就只能与一种抗体特异性结合，但是有的抗原分子有多种、多个决定簇，这样就可以与多个抗体结合。
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