毕业生就业协议与劳动合同的关系有：定义、性质、内容、阶段、关系。
1、定义：毕业生就业协议书，也称为三方协议，是由学生、学校和用人单位在正式确立劳动人事关系前，经双向选择，在规定期限内确立就业关系、明确双方权利和责任的书面协议。而劳动合同是劳动者与用人单位依法确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
2、性质：就业协议书是毕业生在校时与用人单位协商签订的就业意向协议，也是学校编制毕业生就业派遣方案的依据。劳动合同是毕业生与用人单位依法确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议，是明确毕业生就业后从事何种岗位、享受何种待遇等权利和义务的依据。
3、内容：就业协议书的内容主要是用人单位和毕业生就就业意向、工资待遇、工作地点等事项达成的一致意见。劳动合同的内容则更为详细，包括劳动者的岗位职责、工作时间、休息休假、劳动报酬、社会保险、劳动保护、劳动条件和职业危害防护等条款。
4、阶段：虽然就业协议书与劳动合同均为用人单位录用毕业生时所订立的书面协议，但两者分处两个相互联系的不同阶段，不能互为替代。就业协议是在学生毕业之前，由学生、学校、用人单位三方共同签订的就业意向，其内容包括报到日期、未来工作岗位等。
5、关系：毕业生就业协议书与劳动合同的关系在于，前者是在学生毕业之前，由学生、学校、用人单位三方共同签订的就业意向协议，后者则是毕业生与用人单位依法确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
就业协议的作用：
1、三方性：毕业生就业协议书是由学生、学校和用人单位三方共同签订的，这体现了三方在毕业生就业过程中的重要地位和责任。
2、明确性：毕业生就业协议书明确规定了用人单位和毕业生的权利和义务，包括就业意向、工资待遇、工作地点等事项，这使得双方在履行协议的过程中有明确的法律依据。
3、合法性：毕业生就业协议书的内容必须符合国家的法律法规，否则该协议书无效。
4、有效性：毕业生就业协议书的有效期限通常为一年，自签订之日起生效，至毕业生报到之日止。
5、可变更性：如果用人单位和毕业生在履行协议的过程中，对某些事项达成一致意见，可以签订补充协议，对原协议进行变更。
6、不可解除性：一旦毕业生报到上岗，用人单位和毕业生之间的劳动关系就已经确立，此时不能再以毕业生就业协议书为依据解除劳动关系。