1、定义不同
木薯粉是食谱中常出现的名词，多是用来勾芡用的，在大陆使用的木薯粉是马铃薯粉。而荸荠粉又叫马蹄粉，纯正的是用生马蹄直接加工而成的，含丰富的维生素B和C、植物蛋白、磷质，有清热去湿解毒的功效，是莎草根植物荸荠的球茎，主要生长在中国南方。
2、应用不同
木薯粉：勾芡一般用两种类型。一种是木薯粉汁加调味品，俗称“兑汁”，多用于火力旺，速度快的熘、爆等方法烹调的菜肴。另一种是单纯的木薯粉汁，又叫“湿木薯粉”，多用于一般的炒菜。浇汁也是勾芡的一种，又称为薄芡、琉璃芡，多用于煨、烧、扒及汤菜。根据烹调方法及菜肴特色。
马蹄粉：马蹄粉粉质细腻，结晶体大，味道香甜，可以做成马蹄糕、马蹄糊及其他饮食用途。