何建军在科研领域取得了显著的成就。他主持的省级教育厅优秀青年项目《用科学发展观统领民办高校可持续发展研究》深受欢迎，该项目的成功表明他对民办教育的深入理解和创新思维。另一项青年项目《新设民办本科院校学生自主学习模式的研究与实践》同样表现出色，体现了他对提高学生自主学习能力的重视和研究。
在参与的研究课题中，他与团队共同完成了《民办医学高等专科学校实践性教学的理论与实践》项目，该项目荣获省级教学成果三等奖，彰显了他们在实践教学方面的理论与实践经验的结合。而《民办高校加强改进大学生思想政治理论课教学的机制创新研究》更是获得了省级教学成果二等奖，突显了他在教育改革中的贡献和对大学生思政教育的深入研究。
在教材编纂方面，何建军担任主编和参编了多部医学教材，如《人体解剖学》、《大学计算机基础》、《外科护理学》等，这些教材为医学教育提供了重要参考。他的学术成果并未止步于理论，还在核心期刊上发表了十余篇研究论文，展现了其深厚的学术造诣。
他的辛勤工作得到了业界的认可，多次被授予长沙医学院先进教育工作者的荣誉，同时也被评为省教育系统先进文秘工作者，这些荣誉是对他在教育工作中的突出贡献的肯定。