第四纪地层的划分与较老地层的划分之间，在划分内容、原理和方法方面，基本上都是相同的，但也有些差异。第四纪地层划分与较老地层划分的主要差异如下：
1.从地质学的观点看，第四纪的时间是短暂的，所以，在地质年表上，较老地质纪中所出现的一些长时间的地质事件的发展变化，以及用来对岩石顺序进行分类的那些根据一般都是不适用的。第四纪地层的划分所研究的事件的时间单位以年（a）和千年（ka）计；而前第四纪所研究的时间单位一般为百万年（Ma）或更长的时间单位。另一方面，第四纪的年龄尽管短暂，但一些地质事件在岩石中的记录却非常详细。所以，第四纪地层划分应较前第四纪详细得多，这就要求采用更为精确的方法。
2.第四纪地层划分与较老地层划分的另一个差异是第四纪的气候变化的直接和间接的结果，较之在老地层中更加明显。气候变化和冰川的反复出现，形成了冰川、冰缘、非冰川环境沉积物的互相交替和穿插。研究第四纪气候变化以及冰期与间冰期的交替以划分第四纪地层，是一种非常重要的方法。气候方法在第四纪地层划分中的重要性，远远超出在前第四纪地层。
3.第四纪沉积物环境的变化与各种地貌过程是伴生的。各种地貌过程所形成地形的变化，局部地模糊了沉积物的顺序。从一般的意义上说，第四纪沉积物与老的沉积物的沉积规律是基本相同的，都服从地层叠置顺序律。即下伏的沉积物较老，上覆的沉积物较新。但在一些层状地形中，较新的第四纪堆积物产出的高度，却可以低于较老的沉积物。例如，在河谷底部，组成较低地形河漫滩的河漫滩冲积物的年龄，较新于组成河漫滩以上的冲积阶地的冲积物的年龄。所以，地貌形成年代的研究，在第四纪地层的划分中，占有重要位置。
4.在有些地区，第四纪火山活动频繁而剧烈，第四纪构造运动也可达到一定的强度。在这种地区火山活动和构造运动对地层顺序有一定程度的干扰。所以，为弄清第四纪地层顺序，第四纪构造运动和火山活动的研究，也是不可少的。
5.在第四纪堆积物的地层划分中，形成于非冰川环境中的残积物和土壤的研究，也起着重要的作用。
6.与前第四纪地层比较，第四纪陆相堆积物的侧方变化和垂直方向的变化都较大；许多陆相堆积物的厚度小，而且厚度变化大，连续性差；由于海面和湖面频繁的大幅度地上升和下降，剧烈的构造运动以及冰盖的产生和消失所引起的冰川均衡调节运动，使得一些第四纪沉积层的沉积间断多，而且地层间的关系也较复杂。
由于以上原因，在第四纪地层划分中，既需要采用一般地层学的方法，也要采用一些只适用于第四纪地层划分的特殊方法。
进行第四纪地层划分的步骤是：（1）确定第四纪一些地质事件和其它自然大事件的顺序；（2）确定第四纪堆积物的沉积顺序；（3）将第四纪大事件的顺序与第四纪堆积物的沉积顺序联系起来并进行对比；（4）划分地层单位；（5）测定各地层单位的年龄；（6）将地区划分与统一地层表进行对比。