中国东方航空在第一航站楼（上海浦东）和新第四航站楼（上海浦东、福州），达美航空在新第三航站楼。
第三航站楼基本上都是达美航空和大妹联系的航班，除此之外还是美国直升机航站楼之一（布里奇波特、曼哈顿下城直升机场、东34街直升机场、纽华克）。
新的第四航站楼是于2001年启用，取代原先于1957年建设的“国际抵达航站”（International ArrivalsTerminal）。共有16个登机门。这里除了中国的东方航空，还有中国的南方航空（广州）、厦门航空 (福州）和海南航空（重庆、成都 ）。
扩展资料：
纽约肯尼迪机场航站楼服务情况：
肯尼迪国际机场设有9个客运航站楼，各航站以U形格局围绕机场中心区域的停车场、酒店、供电设施等设施。AirTrain和道路均接驳各个航站。
第一航站有11个登机闸口。第一航站原为已结业的美国东方航空的枢钮。新的第一航站楼是由四家国际航空公司（法航、日航、大韩、汉莎）联合出资修建并于1998年建成。
第二航站在1962年启用，为布兰尼夫国际航空和西北航空的航站。西北航空和布兰尼夫国际航空被达美航空收购后，航站的使用权转至达美。第二航站有12个登机闸口。达美其望日后能将它旗下的两个航站（第二及第三航站）合并成一个现代化的航站。
1960年，泛美航空在第三航站建造名为世界港（Worldport）的客运大楼。1970年，泛美为波音747客机的启航作扩充。第三航站有17个登机闸口。
第四航站是一个能够处理空中客车A380的国际航站。Schiphol Group负责管理本航站，它是首家外国机场管理公司管理美国的机场航站。
第四航站是国际抵步航班的枢纽。航站耗资14亿美元兴建，于2001年投入服务。本航站有两个大堂和17个登机闸口。A大堂和B大堂分别有6个闸口和11个闸口。第四航站的AirTrain车站设于大楼内。
第五航站亦称为“环球航空公司飞行中心（TWA Flight Center）”，2008年重建后成为捷蓝航空的新航站。
1970年，National Airlines在第六航站建造有14个登机闸口的客运大楼—Sundrome。2006年6月1日， 捷蓝航空在第六航站设立有7个登机闸口的临时客运大楼。因而提升高航站的航班处理能力。
第七航站原先为英国海外航空和加拿大航空而建。1997年，纽新航港局与英航达成协议，决定扩充本航站。扩充后的航站有12个闸口。
第八航站将全面拆卸，使新的第九航站能全面投入服务。
参考资料来源：百度百科-纽约约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪国际机场