不会自动清除的。公安系统内部人员是不能删除的，也没有权限修改的。一般情况下，警方无权随意查询公民个人开房记录，只有在直系亲属报警称家人走失，或公民涉嫌违法犯罪时，警方才会查询其开房记录，以确定其行踪。至于删除开房记录，目前这一操作在实际警务工作中出现的可能性很小，并要经历较为复杂的申请、审批程序，且市级以下公安机关普通警员无权限删除。
法律依据：《民法典》第一千零三十四条 自然人的个人信息受法律保护。
个人信息是以电子或者其他方式记录的能够单独或者与其他信息结合识别特定自然人的各种信息，包括自然人的姓名、出生日期、身份证件号码、生物识别信息、住址、电话号码、电子邮箱、健康信息、行踪信息等。
个人信息中的私密信息，适用有关隐私权的规定；没有规定的，适用有关个人信息保护的规定。