二类保护动物中，兽类包括短尾猴、猕猴、藏酋猴、穿山甲、豺、黑熊、棕熊（包括马熊）、小熊猫、石貂、黄喉貂、水獭（所有种）和小爪水獭。斑林狸、大灵猫、粗李小灵猫、草原斑猫、荒漠猫、丛林猫和猞猁也是受保护的动物。兔狲、金猫和渔猫同样被列入保护名单。麝（所有种）、河麂、马鹿（包括白臀鹿）、水鹿和驼鹿也是二级保护动物。此外，还有斑羚、藏原羚、鹅喉羚、鬣羚、黄羊和盘羊。海南兔、雪兔和塔里木兔也是受保护的物种。巨松鼠和鳍足目（所有种）也在保护之列。鲸目中，除了一类保护动物外，其他鲸类均属于二级保护动物，包括鲸类。
在两栖爬行动物中，三线闭壳龟、大鲵、绿海龟、凹甲陆龟、玳瑁、大壁虎、山瑞鳖和细痣疣螈受到保护。镇海疣螈、地龟、细瘰疣螈、虎纹蛙、云南闭壳龟、贵州疣螈、大凉疣螈和棱皮龟也是二级保护动物。
鸟类中，受到二级保护的有角赤颈鹈鹕（所有种）、鲣鸟（所有种）、海鸬鹚、岩鹭、海南虎斑小苇、腊凳闹、彩鹳、白鹮、白琵鹭、黑脸琵鹭、红胸黑雁、白额雁、天鹅（所有种）、隼科（所有种）、鹰科（包括其他鹰类）、黑琴鸡、柳雷鸟、岩雷鸟、雪鸡、血雉、红腹角雉、藏马鸡、蓝马轮罩鸡、原鸡、勺鸡、白冠长尾雉、锦鸡（所有种）、灰鹤、蓑羽鹤、长脚秧鸡、姬田鸡、棕背田鸡、花田鸡、小青脚鹬、灰燕、小鸥、黑浮鸥、黄嘴河燕鸥、黑腹沙鸡、绿鸠（所有种）、黑颏果鸠、皇鸠（所有种）、斑尾林鸽、鸦鹃（所有种）、鸮形目、灰喉针尾雨燕、凤头雨燕、橙胸咬鹃、黑胸蜂虎、绿喉蜂虎、犀鸟科、白腹黑啄木鸟、阔嘴鸟、鹤嘴翠鸟、鹦鹉科（所有种）、小杓鹬、白枕鹤、花尾榛鸡、黄嘴白鹭、彩鹮、白鹇、黑颈鸬鹚、八色鸫科（所有种）、黑鹮、蓝耳翠鸟、鹃鸠（所有种）、黑嘴瑞凤头燕鸥、铜翅水雉、沙秋鹤、黑鹇、镰翅鸟、鸳鸯等。
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