1.完善混合所有制企业的审计法律法规。当前混合所有制企业审计面临的最大问题就是法律依据不足。如怎样按市场经济运行规则，监督混合所有制企业参与市场竞争;如何按现代企业制度的要求建立监测企业管好用好各项资本的指标体系;如何按企业会计准则、企业财务通则的要求，全面真实地反映企业财务收支活动等都需要从法规制度上予以完善。
2.政府审计与社会审计有机结合。在对混合所有制经济审计中，要防止国家审计“大包大揽”或者“放任不管”的倾向，要充分发挥社会审计的作用，合理分工，相互配合，实行多种有效的审计方式。国家审计与民间审计对混合所有制企业审计监督的职责应界定如下：民间审计对所有混合所有制企业的年度财务报表进行常规审计，即对混合所有制企业资产、负债情况、风险防范能力、清偿能力及财务状况进行综合评价和公开揭示;国家审计对国有资产控股或占主导地位的混合所有制企业，根据监管需要进行审计，如国家控股的企业在变更注册资本、对外投资、合资或联营、产权转让、确定红利分配方案、评价董事会经济责任以及主要负责人离任或任期经济责任方面进行审计。
3.建立健全内部审计制度。混合所有制企业，特别是股份制企业和上市企业，必须按有关规定建立健全内部审计制度，内部审计应着重于企业自我约束机制的完善，促进企业提高经济效益。建立现代企业制度的重要内容之一就是完善内部监督机制以保证企业经营活动的规范和有效。混合所有制企业的内部审计，应超越传统内部审计强调和偏重的监督职能，逐步接轨于现代国际内部审计的发展趋势，发挥内部审计的评价、鉴定和服务职能。传统的财务审计，主要是对企业经济活动的真实性、合法性、合规性进行审查、评价及报告。而现代内部审计则应该站在企业的立场上，以企业经济效益审计为中心，对企业经济活动的效率和效果进行审查和评价，改进企业的经营管理，当好决策层的参谋，为企业管理层提供有效的服务。
4.加强对注册会计师审计和内部审计的督导。由于受审计力量的限制，对公司制企业的审计大部分将主要依靠注册会计师审计和内部审计来完成，注册会计师审计和内部审计工作的质量如何，直接影响国家和公司的利益。因此，政府审计机关应加强对注册会计师审计和内部审计的质量进行抽查，并对其工作进行业务指导，充分发挥审计体系的整体效能，促进公司制改革和运作的顺利进行。
5.审计人员素质。要降低在混合所有制经济审计中的风险，必须进一步提高审计人员的素质。在不断提高审计人员素质的同时，根据混合所有制经济组织形式多元化和各种形式内部经营项目多、范围广的特点，应适时调整和重组具有各项审计业务技能的“混合”业务机构，以不断提高审计工作质量和效率，对混合所有制经济实行有效监督。
