肝内胆管结石可以说是较为严重的一种疾病。其形成与胆道慢性炎症、细菌感染、胆道
蛔虫、胆汁淤滞、营养不良等因素有关。胆管内慢性炎症是导致结石形成的重要因素，胆汁淤滞是结石形成的
必要条件。胆流滞缓并有胆道慢性炎症最易形成肝内胆管结石。
肝胆管结石病的基本病理改变是胆道梗阻、胆道感染和肝实质破坏。受累区域的肝胆管扩张、胆管呈环状或节段性狭窄；管壁增厚、胆管壁及周围纤维组织增生并慢性炎症细胞浸润；汇管区大量炎性细胞浸润和纤维细胞增生，伴有肝实质损害，严重者形成肝段或肝叶的纤维化萎缩和功能丧失。合并胆道感染时可造成胆源性
脓毒症、肝脓肿、膈下脓肿、胆管
支气管瘘及胆道出血等一系列严重并发症。约2.0%～9.0%的肝胆管结石病例在病程后期可并发肝
胆管癌。
在临床上，肝内胆管结石有很多治疗方法，较为有效的是中药“苗寨石清方”等。除“苗寨石清方”之外，当较为严重的时候，可选择手术来治疗。
肝胆管结石病的重要临床病理特点是：
(1)结石沿肝内病变胆管树呈区段性分布。
(2)结石多并存不同程度的肝胆管狭窄，胆管狭窄是引起结石形成和复发的重要因素。肝胆管结石合并一级分支以上肝管的狭窄时易导致受累肝段或亚肝段萎缩；合并双侧
肝门部肝管狭窄者，晚期常发生胆汁性肝硬化及胆源性
门静脉高压症。
(3)由于长期反复发作的胆道梗阻和/或感染可导致肝胆管结石病变区域内胆管树、伴行血管及肝实质弥漫而不可逆性损害，包括胆管壁结构破坏、多发性胆管狭窄和不规则性胆管扩张、胆管积脓、门静脉及肝动脉小分支狭窄、肝实质纤维化和萎缩、慢性肝脓肿、继发性肝内胆管癌等毁损性病变，这类病变是只有手术切除才能得到有效治疗的病灶。
(4)在肝胆管结石病的病变范围内肝组织发生萎缩，而正常肝组织增生肥大，形成肝脏萎缩。