阿米巴经营将公司组织分成一个个小小的团队(阿米巴)，通过与市场直接联系的独立核算制进行运营，培养具有经营意识的团队领导人，让团队每个员工参与经营管理，激发创新意识，从而实现“全员参与”的经营管理方式。
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阿米巴管理的核心理念之一：以人为本
阿米巴经营模式的基础在于对员工的信任。相信员工的能力，把经营建立在互相信任的基础上，这是实现阿米巴经营的最基本的条件。
阿米巴经营模式的基础是信任员工，其实是要充分挖掘员工作为一个“人”所具有的智慧与能力。员工不是机器，不是单纯用来利用的工具，而是阿米巴经营共同体中的一员。在这样的经营氛围中，员工必定会备感尊重，而将自己毕生的智慧与心血投入到自己的事业中去。
阿米巴模式的另一个重要特点是“赋权管理模式”，换成我们熟知的话，就是“充分授权”。为什么这样的话我们听过无数遍，却始终做的并不太好呢？其实，还是没有充分的信任员工。“我不相信他会把事情做好”，这是普遍的心态。
阿米巴模式中，充分授权的最终目的，其实在于培养阿米巴领导人，激发每个员工的创业热情，挖掘员工的企业家精神。所谓“天生我才必有用”，每个员工必定都有一项最适合他的工作，只是看你是否将他放到了这个位置上。在一个大公司内，领导的岗位永远只有那么几个，一个员工能做到那个岗位的机会都很少。但阿米巴模式中，你可以有很多的机会去做一个小型组织的领导人，在这个舞台上，你可以发挥你的聪明才智。
阿米巴管理的核心理念之二：以理为先
中国有句俗语--“天下之大理为大”，这样的道理，在阿米巴模式中也能看的到，阿米巴模式将“做人何谓正确”当作判断一切事物的基准。
其实，工作中的许多问题，解决起来为什么困难？其实都在于我们没有回归到问题的本源去看，而更多的考虑了许多问题之外的因素，才导致问题解决起来太困难。
如果将“公司的健康发展”作为组织内最大的道理，那么，在解决问题的时候，如果我们争执不下，不妨将这个最大的道理搬出来审视一番，然后从基本逻辑出发去判断，将事情退回到最本源、最原始的简单状态来看，往往就会发现问题的症结。
在通常患有大企业病的组织中，每个人只死盯着自己的“一亩三分地”，只埋头自己的本职工作，所以就失去了全局观，遗忘了“公司的健康发展”才是我们最大道理。因此，在埋头苦干的时候，偶尔也要抬起头看看大家，爬到高处去看看全景，才能让自己更清楚自己的位置和角色。
阿米巴管理的核心理念之三：以家为根
高度透明，全员参与。这是阿米巴的另一个重要的特点。但绝大部分企业经营者都认为，企业重要信息外漏会对公司不利，对员工透明，那怎么行呢？
我们有时候可以发现一些有趣的现象，一辆车子，如果作为公车的话，无论是保养，还是费用，都会居高不下，但如果是一辆员工自己的车子，定会象宝贝一样的爱惜。象这样的例子不胜枚举，这样的区别就在于，员工并没有将组织当作自己的“家”看待。
让员工“以厂为家”并非一件易事，但阿米巴模式却要求有这样的“大家庭主义”。在这样的大家庭里，我们不是尊重员工的问题，而是本身就是一体的，尊重员工就是尊重自己。
员工不了解，就会有疏离感。试想，一个家庭之中，谁会对自己家里的情况不了解呢。如果一味的保密，总会让人有“见外”的感觉。阿米巴模式中的“单位时间核算”机制，也是同样的以家庭记账模式进行的，简单到让人觉得就是在家里记账一样，让人有亲近感。
每个阿米巴，都象一个家庭，而企业就象一个更大的家庭。在这样的家庭背景下，谁人会不奋勇向前而努力工作呢。
阿米巴管理的核心理念之四：以梦为源
在阿米巴模式中，说到最多的就是“激情”。这样的激情，往往来自于“尊重、放权、独立思考”。只有当员工将阿米巴当作自己的事业全身心投入的时候，才能迸发出无穷的激情，并奋力去实现自己的梦想。
许多的企业，在出差费用控制这件事情上，往往都大伤脑筋。但有一种现象，却让人深思：如果是你自己出门办事，你会怎样花费。
自己真正想去做一件事情的时候，产生的力量才是无穷的。要把工作交给真正有兴趣的员工去做。要想成就一番事业，首先要有激情，只有胸怀激情的人去努力才能取得成功。而阿米巴的经营模式核心就在于唤起每位员工心中的创业激情与企业家精神。
在阿米巴经营模式下，阿米巴的领导人拥有绝对的经营权，领导人不能一味的等待上司的指示，要自主、迅速的做出判断。在这样的模式下，每个阿米巴都有企业家的气质。
当我们许多的企业都深受大企业病、官僚主义滋生等一系列阻碍的时候，阿米巴经营模式意在最大限度地释放员工的创造力，把大公司的规模和小公司的好处统揽于一身。但我们如果不能深刻领悟上述四大核心力量，纯粹的引进“术”，可能等待我们的依然是更严重的“大企业病”。
——香港人文比佛利