①特殊家族式管理。
一直以来我国中小企业以民营企业为主。在创业初期，与企业的“家族式领导”在人力资源发挥主导作用。随着企业规模的扩大，企业必须从家庭外部引进国外专业技术人才和管理人才，而家族企业制度具有排他性，引进人才和企业员工很难解决工作的心态和复杂的关系，很难凝聚在一起，就难以形成“命运共同体”，企业在快速发展将受到严重的阻碍，家族式管理模式的“一言堂”也容易导致不公平的薪酬体系。
②薪酬管理理念滞后。
许多中小企业的厂房，设备投资热情高工资，但心有不甘。薪酬作为企业的`净收入，薪酬管理理念。他们虽然支付员工薪水，但是不知道“员工薪酬水平和提高员工素质是良性互动的一个重要标志，是企业繁荣的前提”。中小企业的管理者不了解组织战略和薪酬战略的一致性，从而设计变更和工资管理系统没有遵循经营策略。
③现代薪酬管理方法与技术导入不足。
随着企业的壮大和外部竞争，经理管理，监督员工的分秒变化，面临难以实现的复杂市场，再加上他们的平常事困扰和管理培训的偏见，质量已明显不能适应形势发展的需要，尤其是在现代薪酬管理方法和技术更加无助，急需人才，提出意见和建议，提供系统的现代薪酬设计。
①薪酬制度不合理。
在现代的追求高速发展的中小企业，着眼于利润和市场份额的焦点，而公司治理非常缺乏，因此相关制度建设企业缺乏。由于中小企业不重视薪酬管理，造成薪酬制度的不完善，是制度不能发挥出其真正的功效一些企业有一个明确和详细的补偿系统的，但许多人，是否支付将由公司的领导一个人决定，所谓的薪酬制度只是一句空话，没有发挥其真正的作用。
②公平的缺乏。
近年来，中小企业在薪酬管理中一直存在一个问题是其高级管理人员的薪酬标准和一般员工之间的差距是很大的。据数据显示，中小企业的高层与该企业的普通员工的年收入相比，1/2以上的企业高层人员的年收入是员工工资两倍的占有57%，而是员工收入2～5倍的占有1/3，年收入是员工5倍的比例比较少，只有9.7%。企业内部薪酬差距过大，将导致企业员工的强烈不满，会引起新的矛盾。
③缺乏市场竞争力。
在改革开放的多年中，我们不断的向先进技术学习，为中国基础的发展奠定了基础。对于中国企业而言，这是一个机遇，也是挑战，面临着许多问题，是人才争夺战中一个非常重要的方面。国外企业高薪聘请中国人才，这必将对我国企业的发展造成很大的不利，特别是中国加入WTO后。中国本土企业和外国企业抢夺人才是一个亟待解决的问题。
④奖励形式单一，忽视内在报酬。
忽视员工应该的内在回报，员工的收入几只有每月固定工资，员工没有因为加班的努力和公司良好的商业利益而获得奖励，使员工工作没有动力。公司管理人员和员工缺乏沟通，员工的心理问题不能在工作过程中解决，不满情绪越来越严重，有好的建议或想法不能被公司采纳，这将影响到整体的工作环境，降低员工的工作效率。