命门穴在人体穴位配伍中起着重要作用，它与多个穴位结合，针对各种病症有显著的治疗效果。针对肾阳亏虚，如遗精、早泄、腰脊酸楚等症状，可以配以肾俞穴和太溪穴，帮助改善。治疗破伤风抽搐时，百会穴、筋缩穴和腰阳关穴的组合是有效的疗法。对于中风脱症，灸命门穴与隔盐灸神阙穴是常用方法。若患者患有五更泄，关元穴、肾俞穴和神阙穴的艾灸疗法可起到调节作用。
肾虚引发的腰痛，补命门、肾俞和三阴交穴是传统疗法。对于腰扭伤痛和肥大性脊柱炎，泻命门、阿是穴、委中和腰夹脊的配伍方案颇为有效。对于痛经（寒湿凝滞型），十七椎穴和三阴交穴配合艾灸可以缓解症状。寒湿痹腰痛的问题，可以通过大肠俞穴、膀胱俞穴和阿是穴的灸疗来应对。
命门穴的刺灸法要求直刺0.5～1寸，可以进行艾灸。另外，命门穴还有别名，称属累穴，象征着督脉中气血的堆迭形成，也即地部经水。精宫穴的命名则源自穴内气血源于脊骨，如同宫殿的滋养。此穴的气血特征为地部的水液，运行规律是气化后沿督脉上传至悬枢穴，功能在于接续督脉气血，治疗时根据寒热状况采取相应的补泻方法。
位置：在第二腰椎与第三腰椎棘突之间。 经属：督脉。击中后，冲击脊椎破气机，易截瘫。 此穴的主治症状为：腰痛、肾脏疾病、夜啼哭、精力减退、疲劳感、老人斑、青春痘等。 取穴方法：取穴时采用俯卧的姿势，命门穴位于人体的腰部，当后正中线上，第二腰椎棘突下凹陷处。指压时，有强烈的压痛感。