在2003年，James在Glodman事件三年后重返一个小镇，他发现僵尸依然存在。与搭档Kate一同调查，他们被卷入一场困局，被困在了地下的档案室中。两人发出求救信号后，开始了漫长的等待。
两周后，他们发现PDA有了反应，随之而来的是大地震。他们起初以为救援即将到来，但监视器揭示了恐怖的事实——大量僵尸正向档案室发起冲击。他们决定背水一战，用尽弹药试图杀出重围，艰难地杀向了下水道。
在下水道中，他们意外遭遇了M1boss——Type 0053 Justice，一个恶心的舔人怪物。击败它后，他们乘电梯，却遭到了M2boss——Type 6805 Lovers的蜘蛛袭击。地铁之行同样充满挑战，他们遇到了M3boss——电锯女皇，二代中的Type 205 Strength的配偶，一番苦战后，他们终于逃离了地铁，来到地面。然而，等待他们的是M4boss——刀枪不入的大胖子，一番激战后，他们用大笨钟砸倒了他，发现小镇已成废墟，GOLD MAN通知他们核弹即将在一小时后爆炸。
在绝望中，他们驾车穿过大桥，目标是GOLD MAN的大楼，那辆车正是二代中的经典。大楼中，他们将面临STAR BOSS的挑战，击败他后，他们乘坐电梯进入GOLD MAN的办公室。沿途，机器兵成为他们的障碍，但不再详述。
在办公室内，Kate查看笔记本电脑，发现终极BOSS的信息。这BOSS与二代游戏中的魔法阵图案有关，有两个形态，类似蜻蜓和蜘蛛。在与BOSS的战斗中，James主动请缨，用PDA与之同归于尽，揭示了故事的高潮。
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