安徽医科大学临床医学院不是公办学校。
安徽医科大学临床医学院是民办学校，安徽医科大学临床医学院是在教育部备案、受国家认可的正规全日制大学。安徽医科大学临床医学院位于安徽省合肥市，是2003年由安徽医科大学创建，是经国家教育部和安徽省人民政府批准设立的独立学院；是安徽省纳入第二批本科录取的全日制普通高等教育本科院校。
公办大学和民办大学的区别主要有：
1、主办方不同
公办大学：公办大学是国家政府或地方政府资助创立维持的大学，就是我们通常说的公家政府办的大学，不是私人老板和社会企业主办的大学。
民办大学：民办大学字面意思理解就是企业单位、社会团体和公民个人（私人老板）等主办的大学。没有政府资金支持，学校自负盈亏。
不过部分学校民办性质主办方是政府，也有可能转设为公办，比如浙江大学城市学院以前为浙江大学和杭州市政府共建，现在转设为浙大城市学院，且有民办转公办。
2、社会看待
这个不得不承认，在同等条件下，人们总感觉民办大学不如公办大学，毕竟人们熟知的清华、北大、人大、交大等都是公办的，要不然也不会出现名办大学和公办大学有哪些区别这问题了，所以之前很多民办独立学院纷纷改名，看起来就不像民办大学了。
3、民办学费贵
民办大学上面说了，没有国家经费支持，学费一般都较贵，通常都是1-2万，即使改名了，在第二批招生，学费依然不会降低；而公办大学由于有国家或地方财政经费支持，通常学费在5000元左右一年，大多数家庭还是能够接受的。
4、师资上的区别
师资力量上有些民办院校的确不及国办，但是少数非企业性民办院校则不同，其讲师大部分是高薪从重点大学名牌院校聘请。再者就是老师对学生的责任心上，国办院校就稍逊一筹了。毕竟民办院校教师的工资分发是由学校统一调配，并不像国办大学的教师是在编制人员，吃着所谓的“铁饭碗”干好干孬一个样，教好教坏无所谓。