在终极三国第三季的剧情中，故事围绕着刘备修和众人的冒险展开。第1集里，刘备决定再次尝试弹奏安魂曲拯救大家，但每次尝试都引来董卓等魔族的袭击，关羽甚至因此变老。第2集，王允校长遭遇董卓的追杀，刘备修与众人合力解救，吕布与水母炸弹的关卡也考验了他们的勇气。第3集，刘备与孙尚香被董卓偷袭，董卓利用各种手段打压，孙尚香最终决定跟随孙权离开。
在第4集中，刘备的老朋友邹靖出卖他，绑架了孙尚香，五虎将为了保护孙尚香挑战袁绍。第5集，刘备、曹操和孙权的赌局中，曹操被迫自辱，而董卓则欲篡位。第6集，何进遇害，董卓掌控大权，废除学校，王允奔走长安，关羽与左慈的相遇让他得到新技能。第7集，董卓对王允痛下杀手，曹操和五虎等人誓言复仇，袁绍则号召其他学校对抗董卓。
剧情继续发展，第8集董卓逃走，貂蝉与他一同坠崖，关羽追踪。东汉书院的命运多舛，诸葛亮的“马杀鸡”事件和援助都未能解决问题。第9集，众人求助于诸葛亮，却无功而返，关羽陷入对貂蝉的思念。第10集，诸葛亮承认无解，刘备利用诸葛亮的名声应对袁绍，关羽决定离开等待貂蝉，孙尚香则决定回到书院。
在对抗和转折中，第11集孙权试图陷害刘备，但刘备坚持回归，孙尚香助他一臂之力。第12集，刘备等人遭遇伏击，孙尚香设计逃脱，但被周瑜捉住，刘备被囚禁。第13集至16集，众人面对孙权的威胁、背叛和情感纠葛，孙坚和曹操的冲突升级，大乔的命运也牵动人心。
最终，第17-31集，剧情走向高潮，孙坚的阴谋、魔族的挑战、情感的抉择和时空的冲突交织，直至诸葛亮、刘备、孙权和曹操的三方势力平衡，以及关羽与貂蝉的重逢，为故事画上圆满的句号。
终极三国 第三季讲述的是关羽为了不让刘备在爱情与友情中矛盾挣扎，于是投诚于孙权，条件是希望孙家与曹家军停战，刘备得知关羽心意后深深感动，打算前去许都，与曹操会谈，希望避免战争发生，谁知刘备这一去，却是负伤而回，张飞见刘备与阿香愁眉不展，想出‘玫瑰花床’ part 2行动，不料却再次绑错人，美丽的意外，让五虎将再度重聚…这一次的重逢，赵云终于理清了小乔在他心中的定位。