区别如下：
1、盈利目的不同：
企业单位：是指以盈利为目的生产性单位，国企就是属国家所有的企业单位。国有企业，是指国家对其资本拥有所有权或者控制权，政府的意志和利益决定了国有企业的行为。国有企业是国民经济发展的中坚力量，是中国特色社会主义的支柱。
事业单位：是指不以盈利为目的，由国家行政机关举办，受国家行政机关领导，没有生产收入、所需经费由公共财政支出、不实行经济核算、主要提供教育、科技、文化、卫生等活动非物质生产和劳务服务的社会公共组织，事业单位接受政府领导，是表现形式为组织或机构的法人实体。
2、绩效工资来源不同：
企业绩效工资完全取决于企业盈利情况，根据企业的薪酬战略及绩效考核结果进行发放。
事业单位根据单位不同类别，其绩效工资的经费来源和保障有所不同，义务教育中小学绩效工资经费来源主要由县级财政保障，省级财政统筹，中央财政对中西部及东部部分财力薄弱地区给予适当补助。
1、教育事业单位：
高等教育事业单位 中等教育事业单位 基础教育事业单位。
成人教育事业单位特殊教育事业单位 其他教育事业单位。
2、科技事业单位：
自然科学研究事业单位 社会科学研究事业单位。
综合科学研究事业单位 其他科技事业单位。
3、文化事业单位：
演出事业单位 艺术创作事业单位 图书文献事业单位。
文物事业单位 群众文化事业单位 广播电视事业单位。
报刊杂志事业单位 编辑事业单位 新闻出版事业单位。
其他文化事业单位。
4、卫生事业单位：
医疗事业单位卫生防疫检疫事业单位 血液事业单位。
计划生育事业单位 卫生检验事业单位 其他卫生事业单位。
5、社会福利事业单位：
托养福利事业单位 康复事业单位 殡葬事业单位。
其他社会福利事业单位。
6、体育事业单位：
体育竞技事业单位体育设施事业单位 其他体育事业单位。
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