南京同仁堂和北京同仁堂不是一家，历史上（祖上）是一家，后来因为历史原因等因素分开了。
南京同仁堂已经在2008年选择重整品牌，全面启用“乐家老铺”，结束了同仁堂品牌的“南北”之争。南京同仁堂启用“乐家老铺”，取自“同仁堂”创办人乐尊育。
南京同仁堂药业有限责任公司董事长丁峰峻说，公司前身是北平同仁堂京都乐家老铺南京分号，始建于1926年了。
同仁堂名字由来
由来：同仁堂名字是由创始人乐显扬亲自拟定，“同仁”语出《易经》，意为：“无论亲疏远近，一视同仁。”这句话的意思是和同与人，宽广无私，应天时行，有无论远近亲疏均一视同仁的意思。乐显扬认为，“可以养生、可以济世者，惟医药为最。”“同仁”二字可以命堂名，吾喜其公而雅，需志之。
同仁堂名字由来的另一种说法是，少年康熙曾得过一场怪病，全身红疹，奇痒无比，宫中御医束手无策，康熙心情抑郁，微服出宫散心，信步走进一家小药铺，药铺郎中只开了便宜的大黄，嘱咐泡水沐浴，康熙按照嘱咐，如法沐浴，迅速好转，不过三日便痊愈了。
为了感谢郎中，康熙写下“同修仁德，济世养生”，并送给他一座大药堂，起名“同仁堂”。
以上内容参考百度百科-南京同仁堂
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