法律分析：三证合一后，税务登记证被取消了，企业不需要再变更税务登记证。税务登记改为税务登记备案，税务登记备案流程如下：
1、签发新的营业执照(工商部门)，核发新营业执照纳税持执照本、副本各份税务本、副本各份、代码本、副本各份公章办理。
2、重印发票专用章（公安部门），对发票专用章的使用，应以企业变更和印章的申请方式变更为发票专用章。
3、银行信息变更重新签署三协议(银行部门)设银行账户按规定要登记税务登记证号号码进行升位需至户银行申请终止三协议办理税务变更事项且再重新进行签署新三协议办理税务号变更等纳税银行设银行账户请别办理切勿造缴款失败加收税务滞纳金
四、税控设备变更签发(税务部门)工作重要号码升级税票系统需要重新发放
法律依据：《中华人民共和国个体工商户条例》 第二十七条 营业执照遗失或毁损的，个体工商户应当向登记机关申请补领或者更换。营业执照遗失的，个体工商户还应当在公开发行的报刊上声明作废。