您好，我是柯南吧知道团队的成员，很高兴能回答您的问题^_^
CIA：
425 黑色的冲击！被组织的魔掌触碰的瞬间
429 再也回不来的二人（前篇）
430 再也回不来的二人（后篇）
446 被封印的西式窗户（前篇）
447 被封印的西式窗户（后篇）
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑组织之星 珍珠流星
491 红与黑的碰撞 开始
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
507 KTV包房的死角（前篇）
508 KTV包房的死角（后篇）
509 红白黄色与侦探团
名侦探柯南里CIA主要出场的就是水无怜奈，上面的集数还有包括她的弟弟本堂瑛佑。
FBI出场集数：
226 战斗游戏的陷阱（前篇）
227 战斗游戏的陷阱（后篇）
230 迷一样的乘客（前篇）
231 迷一样的乘客（后篇）
271 急忙掩饰的忽略（上集）
272 急忙掩饰的忽略（下集）
277 英语教师VS西部名侦探（上）
278 英语教师VS西部名侦探（下）
338 4台保时捷（前篇）
339 4台保时捷（后篇）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）
★345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案
346 寻找屁股上的印记（前篇）
347 寻找屁股上的印记（后篇）
361 帝丹高中学校怪谈（前篇）
362 帝丹高中学校怪谈（后篇）
★425 黑色的冲击！组织魔爪伸来的瞬间
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者
491 红与黑的碰撞 开始
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 疾呼
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 入侵
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
509 红白黄色与侦探团
563 侦探团VS强盗团(骚乱）
564侦探团VS强盗团(沉默）
578 召唤危机的红色预兆
579 黑与13的暗示
580 逼近黑色时刻
581 红色的摇摆目标
黑衣组织的剧集
TV
001 云霄飞车杀人事件
013 奇怪的寻亲杀人事件
054 电玩公司杀人事件
118 浪花连续杀人事件
128 黑暗组织10亿元抢劫事件
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）
230 迷一样的乘客（前篇）
231 迷一样的乘客（后篇）
272 急忙掩饰的忽略(后篇)
286 工藤新一纽约事件（事件篇）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）
289 光彦森林迷失记（前篇）（邵渊己一郎出场）
290 光彦森林迷失记（后篇）
307 没有声音的证词（前篇）
308 没有声音的证词（后篇）
309 与黑暗组织接触（交涉篇）
310 与黑暗组织接触（追击篇）
311 与黑暗组织接触（决死篇）
338 四辆保时捷（上）
339 四辆保时捷（下）
340 厕所隐藏的秘密（前篇）
341 厕所隐藏的秘密（后篇）
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音 前奏曲
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音 尾奏曲
425 黑色冲击！黑暗组织魔爪伸来的瞬间
427 充满神秘的上学之路（前篇）
428 充满神秘的上学之路（后篇）
462 黑衣组织的影子 年幼的目击者
463 黑衣组织的影子 奇妙的照明
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑衣组织的影子 珍珠的流星
484黑色照片的行踪（前篇）
485黑色照片的行踪（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
509 红白黄色与侦探团
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)
563 侦探团VS强盗团(骚乱)
564 侦探团VS强盗团(沉默)
578 召唤危机的红色凶兆
579 黑与13的暗示
580 逼近黑色时刻
581 红色飘摇的目标
数码重映版
与黑衣组织的再会
真人版
2.工藤新一的复活 黑暗组织的对决
剧场版
2001 剧场版5：通往天国的倒计时
2009 剧场版13：漆黑的追迹者
参考资料：柯南