一、性质不同
1、结余：是事业单位在一定期间各项收入与支出相抵后的余额，一般指在年底、月终等进行结账时的核算结果。
2、结转：是期末结账时将某一账户的余额或差额转入另一账户。
二、特点不同
1、结余：实际工作中，有的单位年终核算时制作会计凭证不是将收入和支出结转“结余”科目，而是将收入和支出相对转，结余或透支挂往来款项，从而使做出来的财务报表虽然收支平衡，但实际上财务报表不能正确、完整地反映核算单位收支及结余的真实情况。
2、结转：涉及两个账户，前者是转出账户，后者是转入账户，一般而言，结转后，转出账户将没有余额。
三、会计核算不同
1、结余：事业单位在一定期间除经营收支以外各项经常收支相抵后的余额。贷方登记收入转入数，借方登记支出转入数。
本科目平时一般不核算，只在期末(一般在年末)转账时，将“财政补助收入”、“上级补助收入”、“附属单位缴款”、“事业收入”、“其他收入”等科目余额转入本科目贷方。
2、结转：
如对存货“产成品”会计科目，要结转本月的生产成本即注销已销产品的成本，目的就是求出产成品的当前余额；其次，为了计算本期的成本，需要结转的成本费用类的科目很多，诸如制造费用、基本生产成本、辅助生产成本等都要结转到生产成本科目；
再次，为了计算利润，要把当期的销售收入、销售成本、其他业务收入、其他业务成本、营业外收入、营业外支出、所得税、产品销售税金及附加期间费用（管理费用、销售费用、财务费用）等科目的发生额都要结转到本年利润科目；
最后，要在会计年度末把所有会计科目的余额结转到下个会计年度。
参考资料来源：百度百科-结余
参考资料来源：百度百科-结转
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