第一，促进作物生长。 使用微生物肥料在促进根系发育、延长叶片功能期、增强光合作用效率等方面有显著作用，并能明显改善棉花，烟叶，蔬菜等品质。
第二，改善土壤，培肥地力。微生物肥料能增加土层的团粒结构和透气性，提高土层的含氧量和蓄水量，改善作物根际环境。其中微生物肥料作基肥或菌液灌根，可使板结的土壤变疏松，从而促进了植物单产的不断提高和可持续发展。
第三，提高作物的抗逆性。首先是抗旱，鉴于其根系发达，增加吸水肥的面积，同等条件下可耐干旱一周以上。二是抗寒,在果树发芽一个月前涂杆可提早3-5天发芽,鉴于含有抗逆因子,在扬花期可抗轻度的寒流逆袭.三是耐热,在高气温过程中能保证植物正常生长,最后是对于盐碱地种植作物可以显著提高作物的抗盐碱能力。使用本品还可以减轻。苗期立枯、猝倒、红腐等病菌的侵害，而且植株肥壮、生长迅速。
第四，促进根系生长，增加养分吸收。微生物肥料能普遍增加各种植物根系的质量达35%以上，有甚至成倍增加。微生物肥料中含有解磷解钾菌，能有效分解土壤中植物不能直接利用的氮、磷、钾元素供作物吸收，不断供给作物生长所需的养分。
第五，提高产品品质。使用微生物肥料后可以提高各种有机肥、化肥的利用率和转化率，降低因超量施用化肥带来的硝酸盐超标问题，改善产品的口感，如西瓜、葡萄等可以增加糖度1.5度以上。
第六，促早熟。微生物菌肥可使葡萄提早10-15天以上成熟,可使春天大田茄子提早10天左右上市,可使番茄的自然成熟期与对照组抹催红剂的成熟期相同或提前。
第七，抗病防虫。灌根后有益微生物的迅速繁殖抑制了有害菌的发展，促进作物生长，提高作物的抗病能力;破坏了地下虫卵的生存条件，致使无法成虫。同时对因连作(重茬)引起的生理病害有预防和调节作用。
第八，作用增产、增收效果显著：大田粮食作物可增产10%以上，在瓜果蔬菜上试验增产效果达30%以上，葡萄、西瓜、茄子、黄瓜、豆角等增产效果更高。施用微生物肥料的棉花在株高、茎粗及棉株长势上均占优势，其有效蕾数、铃数及霜前铃吐絮数显著增多，一般可增产10%以上。
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