所有体内有核细胞膜上均表达主要组织相容性复合物（MHC）I类分子，该分子上有抗原肽结合部位，每一种细胞都有一组显示其特异性的蛋白结合在此部位。
免疫细胞上还表达一种主要组织相容性复合物II类分子，该分子主要是展示的被消灭的外来抗原的特异性蛋白，也叫抗原肽。
免疫细胞就是在体内游走，不停的识别MHCI类和MHCII类结合槽里面的多肽，当它发现异常时，免疫反应就开始启动。
正常情况下，MHC I类分子展示的自身抗原不会被免疫细胞识别。如果识别了，就会发生免疫反应，这就产生了自身免疫性疾病。
T和B细胞上的受体上有一段蛋白序列编码的基因可以自由组合，形成蛋白序列的多态性，这就可以识别各种各样的抗原。但是能识别自身抗原的序列，在TB细胞发育后期就会被清楚。这就保证了既可以识别外来抗原，又不会伤到自己。