根据上述职责，自治区监狱管理局设12个内设机构。
（一）办公室。
负责局机关政务活动的组织实施和检查落实，组织协调局机关日常工作和对外联络工作；负责综合性文件、报告的起草，草拟监狱中长期规划、年度计划；负责公文办理、政务信息、新闻发布、文秘、保密、政务督查督办、信访、文书档案管理、行政事务、法制等工作，处理监狱与当地纠纷；负责全区监狱系统行政复议、行政诉讼等工作。
（二）组织干部处。
负责制定和组织实施党员队伍、人民警察队伍建设计划；指导全区监狱系统党建工作；承办党委换届选举事宜；负责管理全区监狱系统机构编制；负责干部任免、调配、录用、考核、奖惩、抚恤、工资福利等工作，承办监狱系统人民警察授衔审核报批、职称评定和出国出境人员政审工作；考察监狱领导班子建设；协助自治区司法厅考核管理监狱系统正处级领导干部。
（三）刑罚执行处。
负责拟订全区监狱警察执法工作责任制和刑罚执行规章制度；负责刑罚执行中罪犯的加刑、减刑、假释工作，审核死缓、无期徒刑罪犯的减刑，审批暂予监外执行等工作；处理罪犯的申诉、控告、检举案件；指导监督全区罪犯收监、释放等工作；指导监狱对罪犯的考核工作；协调监狱与公安、法院、检察院的业务关系。
（四）狱政管理处（狱内侦查处）。
拟订狱政管理工作的规章、制度和狱政工作计划并组织实施；指导、监督、管理监狱监管安全和狱内案件侦查工作，了解掌握全区狱情动态并拟订相应对策；指导监狱做好罪犯分押分管、规范化管理、日常监督、行政奖惩和防逃工作；掌握监狱的狱政警戒设施情况，指导、监督监狱的武装警戒工作，管理武器弹药；负责罪犯调遣工作；指导全区创建现代化文明监狱工作；协调监狱与公安、检察、法院和武警看押部队的有关事宜。
（五）劳动改造管理处。
拟订罪犯劳动改造的政策、制度和规定并组织实施，指导、监督、检查全区监狱系统的罪犯劳动改造、罪犯现场劳动管理和安全生产工作；负责拟订全区罪犯劳动力安排和罪犯劳动改造任务的计划；协调全区监狱与监狱企业集团公司罪犯劳动改造工作中的有关事宜。
（六）教育改造处（罪犯心理矫治管理处）。
负责全区在押罪犯教育改造工作，拟订罪犯教育改造计划及管理制度；编写罪犯政治课、文化课、技术课及新投犯入监教材；指导全区监狱罪犯的心理矫治工作；负责做好对罪犯的社会帮教和对刑满释放人员进行改造质量跟踪考察。
（七）生活卫生技术装备处。
负责制定罪犯生活卫生工作方案，指导、监督、检查监狱罪犯生活卫生管理情况和罪犯的疾病防治、劳动保护工作；负责技术装备规划和设备器材的采购、分配工作，指导监管教育专用技术装备、警用交通、无线电通讯工具和计算机网络安全管理工作。
（八）计划处。
负责监狱系统基建投资计划的草拟和申报；研究制定监狱布局及总体规划；管理项目开发，负责建设管理资金筹措；监督工程质量、进度、安全及资金使用情况，负责监管设施及部分生活设施的设计工作；督促工程项目、法人、招投标、合同、廉政等制度实施和检查《监狱建设标准》执行情况；负责基建统计工作。
（九）财务处。
负责编制全区监狱系统的财政预算，核算上级拨款和下级缴款；管理监狱系统经费，监督、检查经费使用情况；负责基建财务核算、预算外资金管理，承担全区监狱系统国有资产管理监督工作；负责局机关经费管理。
（十）宣传教育处。
负责监狱系统普法宣传、警察培训和素质教育工作；组织评比表彰先进活动，办理立功受奖审核报批；负责宣传报道和《政工简报》编发工作；起草局党委中心学习组学习计划；负责全区监狱系统职工思想政治工作研究会日常事务；管理、指导局属警官学校工作。
（十一）审计处。
负责监狱系统审计监督工作，对监狱生产经营、基本建设、资金使用等经济活动进行审计，按干部管理权限，对领导干部进行经济责任审计。
（十二）警务督察处。
负责对全区监狱执法情况和执行重要警务活动的组织实施情况进行督察；负责监督监狱警察警容风纪、监管制度执行情况。
机关党委 负责机关党群工作。
离退休人员工作处 负责机关离退休人员工作，指导监狱系统离退休干部管理工作。
