法律分析：申请前需要准备的材料：
1、主体材料：国内企业需要在工商部门注册，具有法人资格的公司；没有禁止申请的情形（包括产业政策、知识产权等方面）。
2、申请书：包括《肥料产品登记清单》和《登记申请书》；
3、安全有效性材料：包括产品安全性资料、产品有效性资料和田间试验报告；产品执行标准、产品样品等；
4、产品基本信息：包括生产企业的基本资料，产品研发报告、肥料样品、生产工艺资料。
如何办理肥料登记证
1、向省级农业厅提交申请。将上述材料准备好后，在省农业厅办理窗口上报申请。省农业厅对材料和实体进行初审，符合规定的作出同意的意见，加盖公章。
农业部行政大厅上报材料。省级初审通过后，申请人要将材料上报农业部行政审批大厅，大厅工作人员将对提交的材料进行复审。根据材料的情况分别作出受理、不予受理和补充材料的决定。
2、秘书处核验样品。在大厅审核材料的同时，申请人要将肥料样品提交农业部肥料评审委员会秘书处核验。在大厅材料审核通过，秘书处样品核验都通过的情况下，作出正式受理决定。
3、肥料评审委员会检测。正式受理后，肥料评审委员秘书处将会组织专家，对肥料的安全性、有效性进行综合的检测。这段时间可能比较长，在九个月之内可以出具结论报告。
4、批准程序。肥料评审委员会作出测评报告，认定生产的肥料具有安全性和有效性，达到国家规定的标准时，将出具报告。农业部根据报告的内容和前期审查的材料，作出审批建议，报农业部审批。如果符合条件的，审核通过办法肥料登记证。
法律依据：《肥料登记管理办法》 第六条 肥料登记分为临时登记和正式登记两个阶段：
（一）临时登记：经田间试验后，需要进行田间示范试验、试销的肥料产品，生产者应当申请临时登记。
（二）正式登记：经田间示范试验、试销可以作为正式商品流通的肥料产品，生产者应当申请正式登记。