不同元素的本质区别如下：
不同元素的本质区别是它们对应的原子(或离子)的原子核中的质子数目不同。一个元素可能有多种同位素，但是同位素之间区别在于中子数目不同，而它们的质子数目是一样的。元素在元素周期表中，是按照原子序数进行排列的。
而原子序数，实质上就是原子/离子的质子数目。不同元素的本质区别是它们对应的原子(或离子)的原子核中的质子数目不同。质子数目的不同会深刻影响元素的原子和离子的化学性质。元素是具有相同核电荷数(即核内质子数)的一类原子的总称。
同种元素可以有不同的存在状态。如游离态和化合态。同种元素的离子因带电荷数不同，性质也不同。如Fe2+与Fe3+。同种元素的原子可以是不同种原子。如碳元素有二种不同中子数的碳原子:612C、613C、614C。
扩展知识
一、元素定义
具有相同核电荷数（即核内质子数）的一类原子的总称叫元素。
二、元素的分类
1、金属元素：汉子是“钅”旁及汞。
2、非金属元素：汉字中“石”旁是固态非金属；“气”头是气态非金属；“氵”是液态非金属。
3、稀有气体元素：氦氖氩氪氙氡，性质稳定，所以又称为惰性气体。元素的质子数概念、元素的质子数计算及对元素性质的影响
三、元素的质子数概念
元素的质子数是指一个元素原子核中的质子数量，它是元素的一个基本属性，决定了元素的化学性质和相对原子质量。元素的质子数通常用字母Z来表示，例如氢元素的质子数为1，氧元素的质子数为8。
四、计算元素的质子数方法
计算元素的质子数，需要知道元素的原子序数。原子序数是指元素原子核中质子的数量，也就是元素的质子数。通常情况下，元素的原子序数和质子数是相等的。
例如，氢元素的原子序数为1，因为氢元素原子核中只有1个质子，所以氢元素的质子数为1；氧元素的原子序数为8，因为氧元素原子核中有8个质子，所以氧元素的质子数为8。
五、元素的质子数对元素性质的影响
元素的质子数决定了元素的化学性质和相对原子质量。质子数越大的元素，其化学性质越活泼，相对原子质量也越大。