公司如果是零申报的情况逾期了，用户需要携带资产负债表、利润表或者是损益表，需要自行填写税务报表（增值税申报表）并且到所在地国税大厅进行补报。申报期限一般为每月前15天。纳税人未按照规定的期限办理纳税申报和报送纳税资料的，或者扣缴义务人未按照规定的期限向税务机关报送代扣代缴、代收代缴税款报告表和有关资料的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款;情节严重的，可以处二千元以上一万元以下的罚款。
零申报是指在税务机关办理了税务登记的纳税人、扣缴义务人当期未发生应税行为，按照国家税收法律、行政法规和规章的规定，应向税务机关办理零申报手续，并注明当期无应税事项。
公司零申报线上操作流程：
1、打开小程序，点击实名认证/登录。
2、选择企业，完成实名登录。
3、打开业务办理模块，选择申报。
4、打开申报页面，选择零申报服务。
5、选择零申报的项目进行填报并提交即可。
零申报的条件：
1、办理了税务登记就要到税务机关进行纳税申报，这个征管法规定的。
2、至于到哪个税务机关进行纳税申报，要看涉及哪个税种，就要到管理这税种的税务机关去进行纳税申报。
3、一般的，如果是工业或商业，那国税地税都要去进行纳税申报的，如果是服务业，那也是两边都要跑的，中外合资和新企业，大部分的税都是国税管，只有城市房地产税和印花税、个人所得税这几个是地税管，外商企业的城建税、教育费附加这些都是免的。
4、现在没有收入，到税务机关要相关税收的申报表，然后在空表上盖章去交就行。
5、有些申报表有不能报空表的，比如个人所得税申报表，如果有职工的月工资超过5000的，就可能要扣税，还有印花税申报表，那根据注册资本×万分之五，城市房地产税申报表。是根据公司的土地和房产价值算的。
企业零申报的相关注意事项：
1、免税收入不可以进行零申报，如果企业进行了增值税减免备案等，需要如实的和税务机关进行申报
2、如果企业是小微企业而且享受了增值税减免的政策，企业不应该对此进行零申报，而是需要向税务机关如实地申报。
3、企业当期只要有进项，就算未发生收入，也不可以进行零申报。
4、公司如果存在长期的亏损，因为准则规定企业的亏损可以在五年以内进行弥补，因此申报企业所得税时不可以做零申报。企业如果进行了零申报，那么将会导致在以后会计期间内无法弥补亏损的后果。
5、代开发票已经缴纳了税款，依然不能简单地做零申报处理。而应该在规定栏目填写销售收入，系统会自动生成您已经缴纳的税款，进行冲抵。
6、取得未开票收入也应当如实申报，否则不仅要补缴当期税款，还要加收滞纳金。
《中华人民共和国税收征收管理法》
第六十二条
纳税人未按照规定的期限办理纳税申报和报送纳税资料的，或者扣缴义务人未按照规定的期限向税务机关报送代扣代缴、代收代缴税款报告表和有关资料的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，可以处二千元以上一万元以下的罚款。
第二十五条
纳税人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实办理纳税申报，报送纳税申报表、财务会计报表以及税务机关根据实际需要要求纳税人报送的其他纳税资料。
扣缴义务人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实报送代扣代缴、代收代缴税款报告表以及税务机关根据实际需要要求扣缴义务人报送的其他有关资料。