一、不同概念的区别。业务流程设计针对的是企业经营的业务，组织设计针对的是企业组织结构。组织结构可能会影响到业务流程；或是由业务流程优化组织结构。
二、业务流程设计
业务流程设计是根据市场需求与企业要求调整企业流程，包括设计、分析和优化流程。设计阶段主要包括两下任务：其一，透视现有流程质量；其二，根据当前市场需求调整现有业务流程。对于这两项任务来说，必须基于一套统一的方法和统一的描述语言。设计阶段要解决“何人完成何种具体工作”，以何种顺序完成工作，可以获得何种服务支持，以及流程中采用何种软件系统“等问题。分析过程中，我们可以掌握流程在组织、结构及技术方面存在的不足，明确潜在的改进领域。设计阶段的目的是根据分析结果并结合企业目标制定流程，并在IT系统中实施有助于今后为企业创造价值的目标流程。
业务流程设计设计到信息、要求、预测、计划、采购、生产、仓储、运输和交付等的全过程。业务流程设计的目的是要按尽可能地的成本，最快的速度支持业务活动。以时间为基础的流程优化，以增值和反应速度为基准。
业务设计的原则有：
企业流程设计的前提为遵循环境要求原则。
企业流程设计的核心原则是以顾客满意为中心原则。
企业业务流程的资源约束原则。
三、组织设计或组织结构设计
组织设计是一个动态的工作过程，包含了众多的工作内容。科学的进行组织设计，要根据组织设计的内在规律性有步骤的进行，才能取得良好效果。
组织设计是一个动态的工作过程，包含了众多的工作内容。科学的进行组织设计，要根据组织设计的内在 规律性有步骤的进行，才能取得良好效果。组织设计可能三种情况：
组织结构设计，是指建立或改造一个组织的过程，即对组织活动和组织结构的设计和再设计，是把任务、流程、权力和责任进行有效的组合和协调的活动。以企业组织结构为核心的组织系统的整体设计工作。它是企业总体设计的重要组成部分，也是企业管理的基本前提。组织设计虽然是一项操作性较强的工作，但它是在企业组织理论的指导下进行的。