在购买新车后，车辆合格证和购车发票需要上交车管所，但不需要全部交给他们。具体去向如下：
1. 发票第一张是车主的，作为购车凭证。
2. 合格证会被收走，换成汽车产权证。
根据相关法规，初次申领机动车号牌和行驶证的车主需要向住所地的车辆管理所申请注册登记。同时，机动车所有人也需要到机动车安全技术检验机构对机动车进行安全技术检验，并取得机动车安全技术检验合格证明后申请注册登记。不过，经海关进口的机动车和国务院机动车产品主管部门认定免予安全技术检验的机动车除外。对于免予安全技术检验的机动车，有以下情况需要进行安全技术检验：
(一)国产机动车出厂后两年内未申请注册登记的；
(二)经海关进口的机动车进口后两年内未申请注册登记的；
(三)申请注册登记前发生交通事故的。