《三国志》中谈及孙权在黄龙2年（230年）派军队出海远征夷洲。不少学者认为“夷洲”就是台湾。三国东吴临海郡太守沈莹可以称之为最早的台湾学者，他的《临海水土志》对当时被称为“夷洲”的台湾情况有着专门记载，只是此书已经流失，主要内容记载在《太平御览》之中。从所记内容来看，这是当时最完整的关于台湾的文字资料。当然也有人说此时的“夷洲”就是广东或海南某地，但是从方位、气候、地形、古迹、物产、习俗等方面考证，应该是指台湾。通过《临海水土志》，远离台湾海峡的许多内地人知道了尽管是有限的、但是极为难得的台湾的具体情况。第一次远征台湾发生在公元230年。三国时期吴国君主孙权派遣将军卫温、诸葛直率水军一万到达被他们称为“夷洲”的台湾，这是历史上有书为证的中国王朝第一次与台湾的联系。他们的台湾之行历时一年，最后因为疾病流行，水土不服，官兵死伤十之八九，最后则带着数千名台湾居民回到大陆。事实上，这类军事远征并非是杀人越货，而是封建王朝确立和巩固统治范围的常用手段。带回来的台湾人，介绍了许多台湾的情况。几十年后，吴国临海郡太守沈莹根据从台湾返回的吴国官兵和带来的台湾居民介绍的情况，在公元264至280年间写下《临海水土志》（见《太平御览》第780卷）一书。他称这片海上的土地是“夷州在临海东南，去郡二千里，土地无雪霜，草木不死，四面是山，众山夷所居。山顶有越王射的正白，乃是石也。此夷各号为王，分划土地人民，各自别异。”“土地饶沃，既生五谷，又多鱼肉。”还介绍了当地的物产、人民、风情、工具、古迹等，其中的“山顶有越王射的正白，乃是石也”，则证明了在春秋战国时期，台湾为越国的版图。
隋炀帝即位后，陪海师何蛮到达台湾；翌年又派朱宽慰抚流求，但没成功；大业六年，派陈秢、张镇周武力讨伐流求。隋炀帝用武力加强了大陆与台湾的政治联系。
南宋时期，泉州同知汪大猷于乾道七年（1171年）在澎湖造屋二百区，遣将分屯。 《诸番志》中明确记载，澎湖隶属于晋江县。
元朝统治者不仅驻兵澎湖，还想进一步招谕台湾。至元二十八年（1291年）海船副万户杨祥带兵六千人到台湾招降。 汪大渊《岛夷志略》记载，元朝在澎湖设立“澎湖巡检司”，隶属于晋江县。
明朝初年，因防止方、张势力卷土重来，实施迁界政策，一度废除了澎湖巡检司。明后期为防御海盗商人，嘉靖年间，明朝又在澎湖重建巡检司。后又曾撤防。万历年间，日本丰臣秀吉有侵吞台湾的意图，因此明朝重新在澎湖布防，“春冬汛守”，并击退日本的进犯。1604年，荷兰殖民者企图侵占澎湖，沈有容将其击退。1662年郑成功收复台湾后，将明朝的行政管理制度，全部移置台湾，设立“一府二县”。1664年，郑经时在陈永华经营下，该东都为东宁，中央设六官，与明朝六部职能一样；地方州县制度悉从明制；军队编制、训练、封爵、赏惩基本上承袭明制；还移植了大陆的保甲制度；高山族地区，同西南少数民族地区一样，设立土官。可见，郑氏在陈永华的经营下，将中国封建社会的行政管理系统，完全扎根台湾。
清朝康熙年间，出现了对台湾“弃留”的争论。在姚启圣、施琅等人的极力主张下，清政府决定将台湾纳入版图，并加强对台湾的管理。 康熙二十三年（1684年）在台湾设立台厦道，管理台湾及厦门两个行政区，台湾府设一府三县。 雍正时，该台厦道为台湾道。 设立台湾道的同时，清政府每年还自京师派出巡台御史。 乾隆四十六年（1781年）撤销巡台御史。 同治十三年（1874年），沈葆桢将福建巡抚移驻台湾。 随着人口的增加，台湾东北部得到开发，嘉庆十六年，设立噶玛兰厅。到光绪年鉴，台湾已发展为二府十一厅县，但仍隶属于福建省。
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