高尔夫6手动1.6车型在市场上已经相当成熟，整体表现稳健，但像电路系统故障、发动机漏油、变速箱异响等常见问题仍有可能出现。
对于手动版高尔夫6，其变速箱性能可圈可点。尤其值得一提的是，高尔夫系列在后期维护上较为经济，6代的自然吸气发动机配合的MQ200手动变速箱稳定性极高，避免了大众车型常见的烧机油问题。
尽管如此，高尔夫6手动车型的变速箱并非完美无瑕。据反映，可能是换挡机构出现了小问题，不过影响不大，只需适当的维修投入就能解决。然而，真正困扰驾驶者的是换挡逻辑问题，即起步时应该升档却未升，导致噪音异常大，难以忍受。