海运代理企业(一般纳税人),向客户开具增税专票和普票,对本企业纳税有区别吗?影响是什么?

6.83%为本行业增值税率,代收代付客人的费用:(代付时对方已按乘1.0683价格开票给我们),代收时,我们财务还要在代付发票金额基础上乘1.0683开票给客人,这样有的客人不接受,我公司财务说“不接受就只能给客人开普票,专票我们要上税”,请问这种说法是否合理?这种代收时再加1.0683倍的做法是否合理?

不合理
首先,不管专票普票,税率都是6.83
区别在于专票可以抵扣,普票不行。
如果财务这么说,很明显贵司财务在发票做了一些处理 :)

加收6.83的做法,
并不在于你们是否合理
而在于你们上家的要求是否合理
按理说,你们上家能够开专票给你们

就不应该加收6.83的税率了(现在已经明确国际海运企业的运输收入是免税的)
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