1997年，市中区辖6个街道、8个镇、3乡：城东街道、城南街道、城西街道、玉溪街道、牌楼街道、壕子口街道、乐贤镇、白马镇、史家镇、凌家镇、永安镇、朝阳镇、全安镇、靖民镇、交通乡、四合乡、沱江乡。行政中心城东街道。
2000年，市中区管辖6个街道、8个镇、6个乡。
2013年4月1日，中共内江市委办公室、内江市人民政府办公室正式签发《中共内江市委办公室内江市人民政府办公室关于印发<内江经济开发区托管市中区部分乡镇（街道）工作方案>的通知》（办发〔2013〕55号），实施市中区壕子口街道，交通乡交通社区、汉晨社区、顺江村、幸福村、晨光村、协力村、曙光村、同意村、前进村、红星村，四合乡，白马镇湛家村、海棠村、九盘村，靖民镇双堰村、凉风村、石谷村、柏林村移交经开区托管。其中，靖民镇双堰村、凉风村、石谷村、柏林村移交交通乡托管，白马镇湛家村、海棠村、九盘村移交四合乡托管，交通乡临江村、新光村、永兴村、三元村移交乐贤镇托管。经开区幅员面积44.34k㎡，户籍人口80555人，托管壕子口街道、交通乡、四合乡，经开区管委会驻地交通乡。
2013年4月28日，经开区正式托管壕子口街道、交通乡、四合乡。
2014年12月17日，四川省人民政府正式签发《四川省人民政府关于同意内江市东兴区、市中区调整部分乡镇行政区划的批复》（川府民政〔2014〕31号），同意东兴区撤销胜利镇，设立胜利街道；撤销椑南乡，设立椑南镇；撤销永东乡，设立永兴镇；撤销平坦乡，设立平坦镇。市中区撤销乐贤镇，设立乐贤街道；撤销龚家乡，设立龚家镇；撤销四合乡，设立四合镇；撤销交通乡，设立交通镇。
2015年5月25日，四川省人民政府正式签发《四川省人民政府关于同意内江市东兴区、市中区调整部分乡镇行政区划的批复》（川府民政〔2015〕14号），同意东兴区撤销中山乡，设立中山镇；撤销柳桥乡，设立柳桥镇；撤销双桥乡，设立双桥镇；撤销富溪乡，设立富溪镇。市中区撤销凤鸣乡，设立凤鸣镇；撤销伏龙乡，设立伏龙镇；撤销沱江乡，设立龙门镇。 截至2015年，市中区管辖7个街道、13个镇：城东街道、城南街道、城西街道、玉溪街道、牌楼街道、壕子口街道（经开区托管）、乐贤街道、白马镇、史家镇、凌家镇、朝阳镇、永安镇、全安镇、靖民镇、龙门镇、交通镇（经开区托管）、四合镇（经开区托管）、凤鸣镇、伏龙镇、龚家镇。
