第一阶段：变小的名侦探！搜寻黑衣组织的历程
001云霄飞车杀人事件，新一和青梅竹马的毛利兰一起去多罗碧加游乐场玩，在乘坐云霄飞车时遭遇了杀人事件。
成功解决案件后，新一跟踪两个神秘的黑衣男子，并目击了一名黑衣男子进行现金交易的现场，正当他全神贯注的时候，不料另一名黑衣男子突然从背后出现，将新一击倒，并灌下了组织新开发的毒药，新一感觉自己的骨头都要裂开了。。。
002董事长千金绑架事件，在被警察救醒后，新一发现自己的身体竟然退化到了幼年时期。新一在家门口遇到了阿笠博士，并使他相信自己就是变小了的新一。为了隐瞒新一还活着的事实和不连累身边的人，新一听从了博士的忠告，决定隐姓埋名。为了获得黑衣组织的情报，柯南借着小兰父亲是侦探之便，以寄养的身份住进了小兰的家里。从此柯南在毛利事务所潜伏了下来，一边帮助毛利解决案件，一边寻访着黑衣组织的蛛丝马迹。
005新干线大爆破事件，柯南在火车上遇到了前次的两名黑衣男子，阻止了两人引爆新干线列车杀人灭口的计划，并成功得知了两人的代号――GIN和VODKA(动画跟漫画情节相比有改变)。
013奇怪的寻亲杀人事件，组织成员宫野明美（化名广田雅美）为了助妹妹宫野志保脱离组织，策划了十亿元抢劫事件，得手后却不幸被GIN枪杀，临终前她向柯南透露这是一个笼罩着重重迷雾的庞大组织，组织的颜色是黑色。
043江户川柯南诱拐事件，新一的父母从博士处得知其变小，母亲化装成江户川文代，父亲化装成暗夜公爵，伪装成黑暗组织成员与柯南开玩笑。
054电玩公司杀人事件，在参加满天堂游戏公司的新作发布会时，柯南意外听见黑衣组织成员之一的Tequila给VODKA打电话。不过Tequila旋即被误炸身亡。
128 黑暗组织10亿元抢劫事件，因为之前与漫画对应的“013奇怪的寻亲杀人事件”被改编，因此动画在这里添了一集，重新讲述了灰原的姐姐宫野明美被琴酒所杀的情节，为之后灰原出现作铺垫。通过GIN与宫野明美的对话我们得知，与仅仅是组织小卒的姐姐不同，宫野志保是组织里少数有头脑的人之一。
第二阶段：两个黑衣组织的女子！满月之夜的推理对决
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件，组织代号SHERRY的宫野志保因姐姐被杀以停止APTX4869研究的方式表示抗议，结果被组织囚禁在瓦斯室。绝望的她服下了藏着的APTX4869想要自杀，没想到与新一一样没被毒死而身体缩小成儿童时期模样，得以挣脱了手铐从垃圾信道逃了出来。
两灰原虽然隐藏了起来，但是组织却没有放弃寻找叛徒的努力，柯南与灰原也就从此卷入了对组织侦查与反侦察的大戏中。不过灰原好像也没有透露更多组织的情报，此时的她对组织有着极度的恐惧感。
130-131竞技场无差别胁迫事件，剧情本身与组织无关，但是灰原的话暗示，组织有一个始于半个世纪前的庞大计划，但究竟是什么却不得而知，而柯南已经陷入了这个计划里了。
170-171黑暗中的死角，新出智明的父亲被其继母杀害，小五郎在柯南的协助下破案，乍看与主线毫无关系，之后的剧情却表明这里是青山历时两年的一个大伏笔，也是真正的新出智明在三方对决前唯一的一次出场。为保护无辜的女佣，警方修改的了案件的纪录，隐瞒了真实的作案手法，这一点只有真正的新出知道，日后也被朱蒂用来指证贝尔摩得假扮的新出智明。
176-178 与黑暗组织的再会，柯南和灰原意外发现了GIN停在路边的车子，于是柯南在车上装上了发信器与{mod}想获得组织的情报，虽然得知了黑衣组织成员之一PISCO将在杯户饭店暗杀吞口议员的计划，但是{mod}被Gin发现并毁掉，而且他也通过遗留在车里的茶色头发联想到了SHERRY，并肯定她会在酒店现场出现。
柯南与灰原潜入宴会想阻止暗杀计划，不料非但没有来得及，而且灰原也不幸被PISCO识破身份并绑架囚禁在酒窖中。
柯南一方面利用警察拖住嫌疑犯PISCO，一方面提醒灰原喝下白干成功恢复为SHERRY从壁炉逃出。
不料GIN正在屋顶守株待兔，并开枪向SHERRY射击，在这千钧一发的时刻，柯南携变声器出现用麻醉针射中了GIN，SHERRY得以趁机从烟囱逃生，并恢复成了灰原。
PISCO这时也来到酒窖想杀死灰原，却被柯南揭破了身份，结果PISCO被GIN灭口，死前也没来得及说出灰原＝SHERRY的秘密。GIN在与柯南的对决中被麻醉针所伤，也发现SHERRY有骑士保护。
188-193危命的复活。吃了灰原研制的解药后柯南短暂的变回了新一，并化妆成黑衣骑士与兰见面，
222-224招致死亡的人鱼传说，剧情本身与主线无关，但是在这个宣传长生不老的人鱼小岛上，签名册里竟然有宫野志保的名字，暗示着APTX4869并不是简单的毒药，它的研究无疑与长生有着千丝万缕的联系。
226-227格斗游戏的陷阱，朱蒂与柯南相识，并注意到他借助园子破案，因此她发现了柯南不简单，在临走时COPY了VERMOUTH在照片上对柯南的称呼――COOL GUY。
230-231迷一样的乘客，少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的朱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕，后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救。
233 无法消失的证据，柯南和灰原回忆当天公车的事件，灰原很担心，但柯南肯定的说她的身份没有暴露，因为像灰原能感觉到组织成员一样，侦探也具有感觉到杀气的本领。
242元太的灾难，剧情本身与主线无关，结尾处提到GIN是左撇子。
253-254 本厅刑事恋爱物语Ⅳ，佐藤警官去和白鸟相亲，柯南让新出假扮成高木成功阻止，发现其演技高超。秀一监视VERMOUTH，被小兰看见，觉得似曾相识。
258-259来自芝加哥的男人。柯南等人认识了来自芝加哥的老男人“詹姆士 布莱克”，后来他被误认为是某名人而遭绑架，其实是将计就计，试试柯南的本事。柯南破解出熊猫车的暗号，救出了布莱克。
布莱克最后竟然也称呼柯南为COOL GUY，说明了他和朱蒂是一伙的。
赤井接布莱克走的时候说他被恋人甩了，所以剪短了头发。赤井驾车出现时被柯南和灰原瞥了一眼，灰原有奇怪的反应。
266-268情人节的真相，京极真也带着黑色针织帽，被人看见，柯南以为是赤井，十分紧张。而小兰则说她可能认识这个带黑色针织帽的男人，引起了柯南的注意。
269-270犯罪的纪念品，破获录像带杀人事件的时候，从高木那里得知公车劫持案那天，毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张
271-272急忙掩饰的忽略，柯南又一次在朱蒂面前破案。VERMOUTH发邮件给GIN，提到了“久藏”雪利酒，并且向打了叉的宫野志保的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片
274-275幽灵屋的真相，新出在本集开头出场，剧情提示他的佣人亲人都不见了，他说是去了青森
277-278英语教师VS西部名侦探，博士得知毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，于是请来平次帮助柯南。两人分析偷盗案卷的人是想把某个人引出来的圈套，于是两人去朱蒂的公寓试探，并拜托博士在网上调查克里斯的资料。
在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对朱蒂的试探未果。
柯南最后说的除朱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出。
279-280迷宫的阴暗，博士应柯南的要求去克里斯的网站上查过信息，发现她就是美国已故大明星莎隆宾亚德的女儿。
284-285中华街雨中的似曾相识，286-288工藤新一NY事件，承接前面兰回忆起的“带黑色针织帽的男子”，通过兰在发烧病倒时的回忆倒述了去纽约经历的黄金苹果事件。还交代了新一和兰和莎龙的初次见面，以及他们对银发杀人魔的救命之恩。
最后提到真杀人魔其实是别人灭口的，后来得知假杀人魔正是VERMOUTH所扮，这次计划本来是将秀一引出并杀死，但是没有成功。
307-308没有留下声音的证据，小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员tequila接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索--板仓的日记。
309-311与黑暗组织接触，案子的开头柯南和兰遇到了赤井秀一，赤井说兰又在哭。
另外借此，柯南也了解到了当年兰和赤井相遇的事情，并获知了赤井FBI的身份。但柯南仍有些怀疑，并想起了布莱克绑架事件时哀对于赤井的奇怪反应。
通过阅读板仓的日记得知，黑衣组织委托其开发一种危害人类的软件，但他并未最终完成。
柯南诱骗VODKA改时间交易，试图冒充板仓与VODKA接头，从而想得到他的指纹和行踪的情报，不料即将成功之际，却由于GIN的忽然出现而功亏一篑，柯南还险些被发现，最后躲在储物柜里才侥幸得脱。
最后柯南和哀离开的时候，在附近的赤井和哀好像对彼此都有所感觉。
312染上夕阳的布偶，哀第一次提及自己的身世。她提到自己的父亲叫做宫野厚司，原来是化学领域非常有名的科学家，但被称为“被科学界放逐的疯狂科学家”，母亲是个很神秘的女人。
两人在组织中一起进行“秘密药物”的研究，但在生下她不久就去世了，据说是研究事故。
她在懂事之前就被送到美国留学了，回来继承了父母的研究，并且说她的研究是神秘的可以操纵生死的药物，是地球人都无法认识其价值的可怕的东西。
329被挑拨的友情，阿笠博士提到他认识哀的父亲宫野厚司，并且说他待人和气有礼，不像是什么“疯狂科学家”，而且提到他的夫人爱利娜是一个英国留学生。宫野教授一次都没提到自己在研究什么。
335-336东都显影所的秘密，有希子回到日本，接侦探团去东都显影所看电影。在路上有希子和柯南发现他们正在被人跟踪，柯南认为跟踪者不是冲着他就是冲着灰原来的，并且很有可能就是黑衣组织的人。
结尾处赤井还拍下了少年侦探团的照片，还看着哀说太像了。
338-339 4辆保时捷，开头处柯南奇怪的骗博士说新出不在家，但后来不明情况的博士还是找来了新出给小哀看病，结尾处VERMOUTH冷笑着用打火机烧掉了SHERRY的照片，并得意地自言自语道：“找到了……你准备好了吗？我来找你了！”
340-341厕所隐藏的秘密，柯南、灰原和博士去了灰原的父亲宫野博士生前工作过的事物所，想从那里得到一些黑衣组织的资料以及灰原父母的行踪。结果他们在厕所中找到了宫野明美放在那里的灰原妈妈留给灰原的磁带。
灰原找到了明美藏起来的录音带，她的母亲的面目也浮出水面，“Hell Angle”由此而来。在她母亲留给她的18岁生日末尾的话语中应该提到了某件惊人的事情，但是青山并没有说明。
结尾处，VERMOUTH边从飞机场出来边用手机通着电话，从谈话中我们得知，她找来了一个叫Calvados（苹果酒）的组织成员，似乎是为她下一步要采取的行动做的一个重要部署。
343-344便利店的阴谋，柯南发现工藤宅子有人来过的痕迹，而且不是小兰。
朱蒂老师突然间辞去了帝丹高中英文教师的工作，说是想回美国了。在告别派对上，小兰无意间在朱蒂的卫生间的镜子后面发现了朱蒂藏着的自己与柯南，灰原等人的照片，不禁疑云顿生。
345与黑衣组织直面对决满月之夜的二元推理
柯南收到了VERMOUTH寄来的邀请新一去参加化妆舞会的信件，称呼竟然是江户川柯南！
柯南知道自己的身份已经暴露并且决定开始行动，他一方面邀请服部假扮新一去参加化妆舞会，另一方面用麻醉针麻醉灰原后假扮成她的样子准备独闯组织。
来接他的不是VERMOUTH假扮的新出，而是朱蒂！原来FBI也有自己的计划，他们准备先VERMOUTH一步接走灰原，引诱VERMOUTH跟踪至码头，然后实施抓捕
朱蒂揭穿了VERMOUTH同时是克里斯宾雅德和莎龙宾雅德，但在她招呼同伴要抓捕VERMOUTH时，不料却被埋伏的Calvados击伤。
原来VERMOUTH棋高一着，她早就知道了FBI的抓捕计划，提前化妆成朱蒂来到码头，命令埋伏的FBI探员撤退了。
正当朱蒂形势危及时，另一边化妆的服部解决了舞会上的案子扯下了伪装，柯南也撕下面具用麻醉针控制住了VERMOUTH，柯南的筹划终于笑到了最后。
但是这时风云突变，担心柯南安危的灰原利用备用的追踪眼镜忽然找来，反而破坏了柯南的大好计划，VERMOUTH趁机用麻醉针射中了柯南，并把手枪对准了灰原！
就在这形势失控的时候，小兰忽然从朱蒂车子的后备箱跳出保护了灰原，赤井也及时出现迫使VERMOUTH不得不以柯南为人质逃离了码头。
正当VERMOUTH向BOSS发邮件报告时，忽然发现柯南身上有发信器，原来柯南留了一手，他早料到VERMOUTH找到灰原后一定会向BOSS报告。
VERMOUTH不得不承认放弃SHERRY，为了避免BOSS的邮件地址和身份泄露，VERMOUTH不得不使用了催眠瓦斯，并且朝自己开了一枪以保持清醒，毁掉发信器后狼狈逃离了现场。
346-347寻找屁股上的印记，上集案件的扫尾，朱蒂用救援被绑架的柯南和小哀将这次惊险的对决瞒了过去，哀经过步美等人的间接鼓励，终于鼓起勇气面对自己的命运，决定与黑暗组织抗争，而且拒绝了FBI的证人保护计划。
361帝丹高中的学校怪谈，贝尔摩的身份暴露后，为了不引起大家的注意，真正的新出老师回到学校重新工作。
第三阶段：魔鬼之音！银色子弹的镇魂曲
371-372沉默的航线，柯南对冲绳事件中本山先生打电话的手机按键音有奇怪的反应。
375星星和香烟的暗号，结尾处山村警官给在鸟取县的祖母打电话的手机按键音也使柯南产生了奇怪的反应。
385-387 斯特拉迪瓦里小提琴的不xx音，通过对前两次熟悉的手机按键音的分析，柯南确认了组织头目的邮件地址中前四位与鸟取县的区号相同，是0858，在询问了拥有绝对乐感的羽贺响辅后，柯南得知了有这个曲调的歌曲正是《七个孩子》！
394奇异屋宇的大冒险，开始阶段柯南分析黑衣组织是通过儿歌记忆BOSS的邮件地址的，这样就可以避免储存在手机里了，并且推测出了被灰原成为潘多拉的魔盒的黑衣组织BOSS的真实邮件地址，却因无法深入被灰原哀劝止。
425 Black impact！被组织的魔掌触碰的瞬间，通过忘记取回的{mod}，柯南却发现了惊天的大秘密！原来电视台主持人水无怜奈也是黑衣组织的成员，柯南窃听到了她和GIN等人的暗杀计划，并成功阻止。
不料琴酒发现水无鞋底的{mod}，小五郎反而受到他们怀疑，危在旦夕。
好在秀一及时出现，击伤了GIN，将装{mod}的勾当揽到了FBI身上。
VERMOUTH也又再次保护了毛利等人。
代号KIR的水无怜奈在行动中受伤昏迷，被FBI送入杯户中央医院控制了起来。
另外这一集中柯南得知了布莱克也是FBI的人。
429-430无法回到从前的两个人，小兰的倒霉同学本堂英佑出场，眼睛长的和水无很像，好像注意到了柯南通过毛利破案，这让柯南感觉很不安，对本堂的身份产生了怀疑。
446-447封印的洋窗，本堂暗中监视柯南，柯南因为担心本堂发现不敢亲自破案。
462黑衣组织的影子
年幼的目击者，一个孩子目击某歌星被人从桥上扔下，本堂用和水无一样的摸脉搏测谎术，引起了柯南的怀疑。
463.黑衣组织的影子
奇怪的照明，本堂数次想让毛利等人想起水无的事情来获取信息，但是都被柯南看出并把话题岔开。
464 黑衣组织的影子
谜样的高额报酬，本堂故意引诱毛利注意到一个小孩家发生的奇怪事件，这个小孩正是目击水无怜奈受伤的小孩，他说他的母亲生前曾经和奇怪的外国女人对话，打听水无怜奈的去向。
465.黑衣组织的影子
珍珠流星，在那个小孩就要说出摔下摩托车的就是主持人水无怜奈时，柯南及时用假面超人将话题岔了开去。柯南通过外国女人对孩子的回答"A SECRER MAKES A WOMAN WOMAN"推测出这个女人就是VERMOUTH。
另外本集GIN所说的水无取得BOSS信任的事件也表明她与一个叫本堂的卧底的死有很大关系。
466分不开的雪人，开头处柯南推测到组织已经知道水无受伤住院的事实了，并分析黑暗组织不会对孩子进行报复，而且对本堂的真实身份很疑惑。
479 与服部平次共度的3天，柯南推测水无可能是杀了本堂瑛佑的亲疏然后整容成她的模样的，因此让服部调查水无年轻时在大阪的事情。
484-485黑色照片的去向，服部调查水无未果，但意外发现本堂及其父亲在大阪生活的情况，因为瑛佑小时候曾经和父亲一起去大阪的烧烤屋吃烧烤，其父和店长很谈得来。然而店长已经去世，所以柯南、阿笠博士和灰原决定造访住在东京的店长的孙子家，想从他那里得到些本堂及其父亲的情报。不料在这个模型爱好者西郡家里遭遇了盗窃案件，成功解决后柯南他们终于看到了瑛佑无意间照的照片，照片上看到了瑛佑的父亲，并了解到瑛佑的父亲常和黑西装的外国人打交道，并在Company（＝CIA）工作，曾打入过黑衣组织。
491-494红与黑的碰撞 开端 血缘 绝叫 冥土，兰和园子去医院看望初中同学，遇到了正在医院拿着水无照片打听的本堂瑛佑，他辩解说他是在寻找自己长的和水无十分相似的姐姐。为了弄清本堂的姐姐到底是不是水无，兰找到了水无的超级Fans，看了水无早期的录像，得知水无的血型是AB型，可是瑛佑用姐姐曾给自己输血的例子说明自己和姐姐的血型都是O型，这让柯南了解到，水无和瑛佑的姐姐不是一个人。瑛佑为了证明自己的血型，和毛利等人一起来到了其母亲曾经服务过的宅子。看到了母子健康手册的柯南等人确定，瑛佑的血型确实是O型，那么这个水无为什么和瑛佑的姐姐长的这么像呢？
本集的最后柯南却发现瑛佑的胸口有很奇怪的伤疤……
495红与黑的碰撞 昏睡，兰说瑛佑突然失踪了，并且失踪之前曾说过他在医院打听姐姐消息的时候，碰到了疑似父亲同事的人，辨别方式是通过和他父亲发邮件时相似的手机按键音。柯南经过推理认定不是CIA的人而是组织的人已经潜入了水无所在的医院，于是前往医院与FBI商量对策。通过询问医生，柯南确认了黑衣组织的人还没有在医院发现水无的踪迹，并锁定了三个嫌疑人。
496红与黑的碰撞 侵入，通过柯南的试探，FBI找出了黑衣组织派来的成员楠田，还意外得知了本堂瑛佑曾经做过白血病手术。
497红与黑的碰撞 觉醒，FBI在对待楠田偷拍患者名单一事上处理不当，不幸打草惊蛇，虽然楠田在其逃亡过程中自杀身亡，但是同时Gin等人也获知了水无所在的医院，正在赶往医院的路上…
本集中柯南向朱蒂老师等人了解到了赤井悲惨的过去，原来他曾是宫野明美的男友，利用其妹宫野志保的关系，以诸星大的化名潜入了组织。由于变现出色，不但得到了RYE的代号，而且获得了和组织的高级干部GIN一起行动的资格。正当他跟FBI要借此机会诱捕GIN以将组织连根掘起时，却由于手下一个搜查员的失误而功亏一篑。结果明美被组织所杀，志保也被迫逃离组织。
498 红与黑的碰撞 搅乱，为了救出水无，GIN策划了医院附近相继发生的集体食物中毒，奇怪气味引发的人员骚动，火灾等3大事件，一时间大量患者涌向杯户中央医院。在这里我不得不对GIN的谋划报以赞叹，这样不但能不露痕迹的将人员安插进杯户中央医院，而且却不带任何针对杯户中央医院的意思，还让FBI全无还手之力。与此同时，在医院的问讯处忽然接到了给James的署名楠田的包裹。这朵名叫楼斗草的花，花语竟然是“旗开得胜”！可是惊诧不止这个开战宣言而已，赤井还发现了花盆中被放置了炸弹！
卡梅尔大叔终于有了一把飚车技的机会，他和朱蒂惊险的将炸弹带到安全地带引爆了，可是FBI却发现医院里竟然同时受到了大量署名楠田陆道的包裹，其中也有炸弹！这时在无人看守的水无病房中，本堂瑛佑也高高的举起了一把剪刀。。。
499 红与黑的碰撞 伪装，FBI的搜查官们在收缴炸弹的时候发现电视上居然出现了穿着住院服的水无怜奈！搜查官们急忙奔向怜奈的病房，却看到的是安静的躺在床上的怜奈。原来电视上的影像是利用以前的资料进行剪辑处理合成的，而且组织根据炸弹的中放入的发信器，已经锁定了怜奈的病房。赞叹个！
FBI只得采取最终手段－－三车齐出，转移水无！神秘的卡梅尔承担了运送水无本尊的任务，朱蒂想要阻止他，却被他一拳击晕，难道这个卡梅尔是？这时GIN也派出VODKA，CHIANTI，KORN三人盯上了三辆车，并成功的判断出水无就在卡梅尔的车内
500 红与黑的碰撞 遗言，面对GIN和众手下的迫近，卡梅尔打算凭借车技甩掉跟踪，却突然遭到装炸弹的盒子的袭击，3号车也随之撞上护栏停了下来，原来装睡的水无在关键时刻出了手。正当CHIANTI打算解决掉昏晕的卡梅尔的时候，3号车突然发生了爆炸。水无和GIN等人顺利的回到了组织，FBI与柯南精心策划的计划难道就此满盘皆输？
原来柯南和赤井早已发现水无已醒，并知道了水无的确是瑛佑的姐姐－－CIA本堂瑛海的事实，瑛佑因为患过白血病，用过姐姐的造血干细胞和经过骨髓移植的手术，使他的血型改变，而自己不知。柯南和赤井利用瑛佑的出现迫使水无醒来与FBI对话，当年两人的父亲伊森本堂惨死的故事也再次被提起。赤井，柯南与水无定下约定，水无以Kir的身份重回组织，成为钢楔！
501 红与黑的碰撞 嫌疑，柯南和赤井向因为失去水无而沮丧万分的FBI解释了他们计划的本来面目，原来水无的真实身份是CIA情报员本堂瑛海，他们已经达成了协定，水无怜奈继续以KIR的身份回到组织，除了向CIA报告外还要向FBI提供情报。水无怜奈的条件是让她的弟弟本堂瑛佑加入证人保护计划。而且要求在任何情况下都优先考虑CIA的任务需要，也许会有对不住FBI的地方。赤井却好像对这个要求早有预料。。。
与此同时，回到组织的水无也想办法保护了医院的人员。但是GIN对如此简单就救回水无充满疑虑，预示着柯南和赤井的计划也许并不能那么一帆风顺。
旅馆发生了杀人事件。被害人是租住在旅馆39楼的以培养外国演员为主的经济公司的社长。嫌疑犯是托比•凯恩斯，哈鲁•巴库那，FBI的卡梅尔探员三人中的一人。因为卡梅尔长相凶恶，而且不肯说出职业，所以被少年侦探团和警察当成了重点嫌疑犯。无奈的柯南只好偷偷打电话给朱蒂叫她来帮忙。
临出门前，赤井叫朱蒂小心，说他又不好的预感，因为这天正好是13号星期五。
502红与黑的碰撞 洁白，朱蒂假扮成卡梅尔的女朋友，并证实了他FBI的身份，总算是解了围。
而此时，GIN为了消除疑虑，向水无传达了让赤井秀一从这个世界上消失的命令。
在新米花旅馆，卡梅尔向朱蒂讲述了两年前正是由于他的失误，导致了诱捕GIN的计划失败，赤井FBI的身份暴露，赤井的女友宫野明美也被组织所杀。
水无拨通了赤井的电话，假意说自己在组织里混不下去，要脱离组织，邀他到叶山路会面。詹姆斯怀疑是个陷阱，想叫朱蒂回来商量，却被赤井阻止了。
503 红与黑的碰撞 决死，在新米花旅馆，柯南帮助解决了案件。
这时的赤井正朝着会面地点叶山路飞速行驶，黑衣组织却早已布好了天罗地网。
504红与黑的碰撞 殉职，终于到了这一集！赤井和水无在来叶山路碰面了，水无先用手枪射穿了赤井的肺部。通过摄像机查看情况的GIN，向水无下达了用手枪直接爆头的命令。于是水无笑着说“没想到进展的如此顺利”，并用手枪向赤井的额头开了一枪。这时，由于警车的突然出现，水无将赤井的遗体横放在了车上，并用定时炸弹引爆了汽车。
朱蒂他们不见赤井回来，又在新闻上看到了叶山路上发生的枪杀焚尸案，心中十分担心。朱蒂想起赤井曾经在商讨作战计划时用右手碰过柯南的手机，就想用上面的指纹和尸体仅剩下来的右手比对以确定是否是赤井。
比对的结果是指纹完全一致！！难道秀一真的死了？？朱蒂伤心的哭泣，贝尔莫得却笑着说“银色子弹还有一发”！
第二天，柯南在拿回手机的时候，发现手机的序列号改变了，但他没有问茱蒂原因，朱蒂也没有告诉柯南赤井殉职的消息。
508 卡拉OK厅的死角（后篇），第三阶段的大幕即将落下，本堂瑛佑也决定告别帝丹高中的短暂生活，到美国留学，他的梦想是像父亲和姐姐一样成为CIA，战胜黑暗组织
在离开之前，瑛佑故意与柯南单独相处，告诉他自己对兰其实早已一见钟情，想向她表白并带她一起去美国。
临走的时候，瑛佑透露了FBI内部出了变故，好像什么人牺牲了，但是柯南却微笑的表示“不要紧”。
第四阶段：双面间谍！赤井OR波本？（由于第四阶段尚未尘埃落定，只好根据目前剧情先起了个名字）
509红白黄色与侦探团
新的危机！波本，冲矢和黑白君，FBI的朱蒂搜查官给柯南打来电话，告诉他水无怜奈的最新情报—组织新的厉害成员代号BOURBON正式登场，而且恐怕目标就是灰原，叫柯南小心提防。
案件结束后，神秘人物冲矢找到了阿笠博士，请求在博士家住下，但是被十分害怕的小哀拒绝。出人意料的是，柯南竟然主动答应将新一家的钥匙交给冲矢昴，并留下了一句意味深长的话“要好好看家哦”。（冲矢=工藤优作之论出现？）扯淡的是，当小哀问起借房子的理由时，回答竟然是“因为福尔摩斯的粉丝里没有坏人”！
510-511 推理对决！新一VS冲矢昴
参考资料：http://bbs.aptx.cn/thread-175267-1-2.html