主线剧情是一样的，但是添加了一些枝叶和支线任务，丰富剧情
无变换：主线剧情-都是四个光之战士被风之水晶选中，开始拯救世界旅程，在一系列战斗后，最终站到魔王撒旦面前。后来，在暗之战士帮助下，光之战士终于战胜了撒旦召唤的暗云，拯救了世界。
职业-主要职业都没有变化，稍微有些变化的是初始职业，FC版出来时候是洋葱剑士，而NDS版出来时候是“无职业”状态，洋葱剑士是隐藏的职业。
至于变化的部分
1，画面：（其实是废话）从2D变成3D，画面刻画接近了当时NDS的极限3D水平，很细腻。
2，人物：FC版本是光之四战士，和初代没什么区别，而NDS版正式给四人添加了鲁内斯等名字，所以到目前为止，整个FF系列，只有初代主角没有正式名字。
3，支援系统：FC版本中，虽然流程里分别可以带着丽莎公主，徳修，水之巫女等角色，但是基本就是剧情龙套，而NDS版里，跟随的角色也会随即发动技能，如丽莎和水之巫女以恢复能力为主，会给我方使用回复术和防御魔法（随即），而徳修，乌奈等则会随即物理攻击或者使用强力法术对付敌人，是非常强劲的帮手（尤其是大贤者两个弟子，魔法攻击十分恐怖，同时期杂兵一击必杀）
4，支线任务及隐藏迷宫：支线任务有4个，需要NDS连线通信7次才可以，不过有修改器可以修改存档次数。完成7次联机后，通过莫古力和NPC分别通信4次，分别可以接到4个隐藏任务：1，村长，和村长通信4次后，可以得到孩子失踪的报告，之后回最初的村子，再去北面的洞窟，打败几个炸弹就可以救出孩子，得到洋葱剑士隐藏职业。2，丽莎公主，4次后得到修补首饰任务，回到城里找到公主，然后去世界地图魔剑士村找到传说工匠，完成这个任务。以后随即在一些城镇找到工匠，如果某个职业的等级练满（任意一人），可以得到该职业的大师证明（不过没用，通信时候炫耀而已）。如果找到传说的金属，他会帮你加工成最强武器：创世之剑！3，希德，通信4次后触发家里地下室异灵事件，回到希德的村子和他对话，之后进入他家地下室，打败怪物，可以搜刮不少不错的宝物。4，隐藏迷宫：分别和老头四人组以及王子通信4次，可以得到“陨石降落地球”的消息，之后，在大地图正南方海域有一块阴影出现，这就是隐藏迷宫。得到潜水艇后潜入可以找到这个？？？？的地方。走到最里头触发剧情，打隐藏BOSS铁巨人......反正比暗云强几倍了，被瞬间灭团是很正常的。
5，初期：FC初期就是4人一起，而NDS版初期只有鲁内斯一人，打第一个BOSS陆龟也是......不过陆龟被弱化了。剧情渐渐发展一直到打金的剧情时候4人才全部加入。
6，装备：添加了隐藏的创世之剑，另外，原作中只有最终迷宫才随即出现的三大龙（青龙，蓝龙，红龙），现在在隐藏的？？？？迷宫也出现，这里除了铁巨人外，就是这三种龙，所以打圣灵药和洋葱装备变得容易多了。
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