根据1952年的院系调整，重庆大学经历了显著的变化。医学院被华西医科大学（后并入四川大学）和唐山铁道学院土木系（西南交通大学土木系）部分吸纳；文学院并入了四川大学，部分教师转至西南师范学院（西南大学）。铁道工程专业、商学院和法学院分别与西南财经大学（原西南财经学院和四川财经学院）、西南政法大学（原西南政法学院）相关联。体育系科则并入西南师范学院（后与西南农业大学合并为西南大学），农业系科移入西南农学院（后并入西南师范大学）。
化学化工系调入四川化学工业学院（成都科技大学，后并入四川大学），土木建筑专业参与组建重庆建筑大学，后与重庆交通学院相关联，2000年重庆建筑大学回归重大。石油专业调入北京石油学院（现中国石油大学），理学院并入四川大学。1955年，无线电系电报电话专业与天津大学合并成北京邮电学院（北京邮电大学），部分专业转入重庆邮电学院。
地质系基础上成立了四川地质学院（成都理工大学）。1952年，重大还接收了西南工业专科学校和川南工业学院的部分专业。这次调整中，文科、商科、法学和医学院全部外迁，理工科有所变动，理学院暂时保留。1952年9月至11月，何鲁教授领导的院系调整委员会主导了搬迁工作，但调整并未就此停止。
1953年，理学院全部并入四川大学，1955年和1956年，无线电系和地质系进一步调整。工学院在调整中保留下来，成为唯一实力较强的学院，但也经历了重大损失。1958年增设的国防科技专业在1962年被重新组合，最终只剩下了无线电专业。第一次调整后，工学院的专业包括机械制造、动力、电讯、采矿、冶金和地质。经过第二次调整，工学院的专业则缩减为机械制造、动力、电机、采矿和冶金，总计五个专业。
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