为了维持土壤生产力及肥效，土壤中含有适量的有机质很关键，而施用有机质肥料是最为有效的方式。再者，近年来人们的环保意识逐渐加强，以及人们对兼顾食品品质与安全的需求，让有机质肥料的使用再度受到重视。
改善土壤物理性及化学性，有机质促进作物生长
施用有机质肥料对作物生长具多重效应，其中包括直接及间接效应。施用有机质肥料，改善土壤物理性有许多方法，例如借由堆肥中的腐植质稳定土壤团粒构造；调节土壤通气性，给植物根系供应足够氧气，并且可以有效排除根圈过量的二氧化碳；堆肥颜色较深，可促进土壤吸收热能，增加土壤温度并间接改善土壤结构；借由有机物质疏松土壤，降低土壤总体密度，避免排水不良、表面冲蚀等效果，使作物根系发育伸展，以及增进根系吸收水分、养分等，作物品质也因而提升。此外，土壤有机质含量高、土壤蚯蚓多，造成蚯蚓粪亦多，土壤团粒构造佳。
在施用有机质肥料后，土壤化学性也随之改善。土壤可长期保存较多植物所需养分，且增加土壤阳离子交换容量、阴离子交换容量及缓冲能力；此在黏粒及有机质含量少的土壤中更为重要。再者，也能增加土壤储存养分的能力，有机质肥料中含有所有植物所需养分，可增进土壤养分含量。
蚯蚓粪具有良好团粒构造，所以土壤蚯蚓粪含量多，则团粒构造相对较佳。
有机质肥料具有较大缓冲能力，使土壤不会因外来化学肥料而使酸碱值、电导度呈巨大变化。
此外，能钳合微量营养元素，广义有机质包括生物体、有机残体、腐植质，狭义有机质多指腐植质，而土壤有机质可分为有机残体、腐植质，由于腐植质含有若干含氧功能基，使其具有各种胶体特性，例如表面吸附、离子交换、钳合（螯合、夹合作用）、缓冲作用、氧化还原、生理活性等；并能协助植物营养元素溶解，帮助吸收且提高有效性。
有机质不仅是土壤微生物活动能源，也是有机及无机养分来源。土壤有机质含量高，所含微生物的种类与数量较多，可以促进有机物分解而释放植物所需的无机养分。有机质肥料也可能促进某些会分泌生长素的微生物生长，土壤腐植质中的腐植酸有类似植物生长素的特性，可促进植物生长。
掌握有机质肥料品质三要素：供应量大、释放速度快、腐熟度高
有机质肥料是资源再利用的方式，若有机废弃物不被利用或不为土壤消化，便会排放至环境中，造成资源浪费，又引起大气、水面及土壤污染。如今堆肥主要目的已经不只是提供养分，而是让废弃物无害化，因此可将有机废弃物适度翻堆。
有机质肥料的优劣，将影响施用后对土壤、作物和周遭环境的冲击，进而影响农民购买和使用意愿。优质有机质肥料的基本要求包括具有供应植物所需养分、改善土壤构造、调节土壤水分、通气性及温度、活化土壤磷肥等多重功能；提高作物产量及品质的双重功效；友善周遭环境，不产生异味；对外在环境冲击具有缓冲能力；较少产生不利副作用。
左图：香瓜田A试区土壤有机质低植株呈萎凋现象；右图：香瓜田B试区土壤有机质高，植株生育较佳。
以有机质肥料取代化学肥料供应作物生长所需，此理念常被用于有机耕作。由于有机质肥料所含氮、磷、钾三要素含量与化学肥料相差很多，例如尿素含氮量高达46%，而一般有机质肥料仅1%～6%，并且须经微生物将其有机态矿化成无机态，才具有与化学肥料相同的效应，如果完全以有机质肥料取代化学肥料，便需要大量有机质肥料及适于矿化作用的条件来配合。所以完全迎合作物养分需求，所估算的有机质肥料用量将甚为庞大，同时若大量施用则可能造成难以补救的后遗症，例如盐分或重金属累积过量，因而破坏土壤品质、降低土壤生产力。
因此，供应养分为目的的堆肥应具备三大条件，即养分供应量大、释放养分速率快及腐熟度高。选用氮磷钾三要素成分含量高、碳氮比低（＜17）且肥分含量较高的有机质肥料，因矿化作用大于生物固定化作用，故可快速释出养分供作物吸收，如粕肥、禽畜粪及其堆肥、动物质肥料等，便具备这样的条件。
油粕类肥料主要种类有大豆粕、花生粕及菜籽粕等20馀种，尚含有油脂，主要成分为蛋白质与碳水化合物，榨油越完全，含肥分比率越高，分解亦迅速。由于富含氮而缺乏磷、钾，宜与过磷酸钙、草木灰（棕榈灰）混合施用，草木灰不仅供给钾素亦可促进油分分解，并中和分解时所产生的有机酸，此类肥料与任何肥料配合，品质不受影响。
只有在土壤中分解须靠微生物参与，所以寒冷季节分解慢，宜当基肥使用；夏季高温则分解快，可当追肥使用。近年来，市售肥料更朝向有机复合肥料（添加泥炭）和生技肥料（与有益微生物、有机肥料结合为氮磷钾三要素）类型发展，不过有机复合肥料肥分含量高，须注意施用量，过量易造成土壤电导度过高，影响作物生长。
新鲜或未完熟的有机质肥料，一旦施用于土壤中，可能产生许多负面效果，继续发酵所产生的热及有毒挥发性气体，例如甲烷、硫化氢将伤害植物根系，而使抑制生长、带来病原等，应避免使用来路不明的有机质肥料。
高功效及高稳定，有效改良土壤品质
有机质肥料富含有机质，除了可供应养分外，对土壤性质改善功效为化学肥料所无法比拟。一般而言，施用有机质肥料对土壤物理性、化学性及生物性的改善，比供应养分的贡献更大。最正确且合宜的肥培管理对策，应为利用有机质肥料改善土壤性质及持久释出作物所需养分，并配合化学肥料的速效特性，营造出和谐、合理、环保且永续的农业生产型态。
施用品质不良的有机质肥料，可能因发酵不完成而易产生杂菌。
为改善土壤性质，有机质肥料品质应具备长期效用特征，并非所有有机质肥料都可以有效提升土壤有机质，只有纤维素、半纤维素及木质素含量高者才有作用，通常肥分含量低、粗纤维含量高的有机肥，如树皮、牛粪、稻草、稻壳等堆肥；而鸡粪、米糠、鱼肥、豆粕类等高氮成分者，增加土壤有机质含量功效有限。再者，须具备高稳定性，稳定性高低的特性与有机质材料的构造及形态有密切关系，此二者愈稳定愈不易被分解，一般长效性有机质材料都具高稳定性。
顺应作物生长周期，合理化施肥各有要领
合理化施肥是适地、适时、适作的肥料管理方式，须完全配合作物和土壤需求。有机质肥料种类多，肥效根据其所含有机质在土壤中经微生物分解矿化作用释出养分要素而异，故施用有机质肥料应依其碳氮比预估矿化作用速率，以及可释出养分要素量。连续使用有机质肥料时，应评估前期土壤中有机质可矿化量，才能确定须由有机质供给的要素量。若化学肥料、有机质肥料配合施用，应将有机质肥料可释出要素量扣抵化学肥料施用量，以达到合理化施肥目标。
蔬菜园施用有机质肥料必须考量土壤性质，在低肥力、黏重或砂质壤土，经济状况许可之下应采取1次或2次大量施用足够高纤维质且难分解型有机质肥料，可显著改善土壤保水、保肥力，增进通气性及缓冲性等，使其有良好物理性、化学性及生物性，再依据调整后之性质，合理搭配施用化学肥料。具高肥力及有机质高之蔬菜园，则宜施用含高氮且易分解型有机质肥料，如油粕类等，不但可减少施用量，避免过度累积磷、钾等养分，且其快速分解产生氮素，可充足供应蔬菜生长所需。
穴施有机质肥料可与土壤充分混合，覆土则可减少肥料流失，以促进肥效。
果树属多年生作物，每年因生长枝叶和开花结果，须从土壤吸收大量养分，其根系较深，因此施肥量、施肥方法、施肥位置和蔬菜类不同。肥料必须施入较深土层以促使根系向下生长，且可提高施肥效率，促进果树生长。种类以高纤维质有机质肥料为宜，再配合施用化学肥料，调节氮磷钾三要素吸收型态，以利生长及提升品质。
为土壤选择合适的有机质肥料
由于有机质肥料使用材料及混拌比例不同，其所含成分也各异，为使平衡养分供应及防止土壤过量累积重金属，特别是禽畜粪堆肥，应轮流施用以不同材料制成的有机质肥料，也等同于轮作。
有机质肥料不仅能协助土壤充分供应作物所需养分、水分及氧气，还能确保良好土壤物理性、化学性及生物性，减少地力劣化，又可减少施用化学肥料及病虫害发生，使农田容易管理，省事又省心，还能维持良好生产力，以达成人类的粮食需求。肥培管理是对土壤施肥，而非对作物施肥，有健康的土壤，才能生产健康作物。因此，有机质肥料中有机质含量成为最重要的指标。提升有机质肥料功能，达到改良土壤性质，又能促进作物生长，提高作物品质，兼具环境生态维护及提升农业产值的可持续发展的农业经营理念。
根系能力下降，在土壤板结的情况下，由于缺氧，根系活力下降，不能正常发育，植物根部细胞的呼吸作用减弱，氮素等营养物质又以离子态存在，吸收时消耗细胞代谢产生的能量，呼吸作用减弱，影响营养的吸收。
导致缺素症，有时缺素症可能是土壤中缺乏这种元素，而是因为土壤板结，土壤酸碱度不合适，或者土壤水分供应不均衡等问题产生的根系吸收能力下降导致的
土壤板结的解决方法
增加有机肥的施用量，积累多的有机肥。例如厩肥，圈肥，土杂肥，以及利用农作物秸秆沤制的有机肥。
减少化肥的施用量，提高农民对各种肥料作用的认识，化肥用量要根据作物产量和土壤肥力合理搭配施肥，既控制盲目施化肥的量。也减少了不合理的投入，从而增加经济效益。
改良旧的耕作方式，进一步推广秸秆还田和免耕覆盖，尽力减少不重要的土壤流失，以保护土壤结构不遭破坏。