1、南京市博物总馆
南京市博物总馆是国家一级博物馆，中国国家一级博物馆中唯一一家实行总、分馆制的博物馆，总馆成立于2014年，是融汇南京古代史、近现代史、革命史、城市史、考古、文保、民俗与非遗等诸多门类的综合性历史艺术类博物馆。
南京市博物总馆成立，按照“机制创新、人才交流、资源共享、合作互惠”的原则，充分发挥市属文博场馆及文物藏品的作用，开拓创新，实现“藏品打通”、“人才打通”、“管理打通”和“服务打通”。
2、南京博物院
南京博物院是我国第一座由国家兴建的国立大型综合博物馆，它坐落于南京市紫金山南麓、中山门内北侧，占地7万余平方米。
两座陈列馆（历史陈列馆和艺术陈列馆）建筑面积3.5万平方米，均为仿辽宫殿式建筑，黄瓦红柱，巍峨壮观。院内草木葱茏，各种石刻文物点缀其间，人文景观与自然景观相映成趣。
3、南京科技馆
南京科技馆位于南京市雨花台区紫荆花路9号，占地面积约30万平方米，科技馆主体建筑面积3万平方米，总投资3.5亿元人民币，是国家AAAA级旅游景区、全国科普教育基地和江苏省科普教育基地。
南京科技馆包括科技馆主场馆、科技影院及其它相关配套设施。主场馆由常设展厅、非常设展厅、国际会议交流报告厅等组成。
其中常设展厅按主题划分为宇宙探秘、地球万象、智慧主人、创造天地、知识海洋和儿童科技乐园等六个展区。展品总计350多件，其中70%以上的展品是参与性项目。
4、南京古生物博物馆
南京古生物博物馆位于南京市玄武区鸡鸣寺景区南侧，总建筑面积8500平方米，其中展览区面积近4200平方米，是世界上最大的古生物专业博物馆之一。
博物馆以古生物化石为本，以古无脊椎动物、古植物和微体古生物为主，博物馆藏品丰富，展品精美，其中尤以“澄江动物群”和包括“中华龙鸟” 在内的“热河生物群”化石标本最为珍贵，堪称国宝级的化石精品。
5、明孝陵博物馆
位于江苏省南京市玄武区钟山风景名胜区内，是关于明太祖朱元璋、世界文化遗产明孝陵和南京明文化的专题展馆。
新馆外观采用了明清时期江南地区的建筑风格，白墙、灰瓦、雕花木门、坡顶屋面、马头墙、花格窗等典型元素的运用，使得整体建筑与周边明孝陵遗存的大金门、四方城等文化遗址和草木葱郁的自然环境相协调，这也与600多年前明孝陵“天人合一”的建造理念不谋而合。
6、南京紫金山昆虫博物馆
坐落于江苏省南京市钟山脚下，是一个集昆虫研究、生态展示、科普教育为一体的自然主题博物馆，共有10个室内昆虫展区。
在昆虫博物馆，不仅可以见到呆萌的甲虫、绚丽的凤蝶、隐身的飞蛾、会搬家的小蚂蚁，还有超多世界珍稀甲虫昆虫。可以通过昆虫形态、生活环境、主要类群以及与人类的关系，四个不同角度近距离观察昆虫，这里更有3D打印模型及沉浸感的视频影像环境。
7、中国科举博物馆
位于南京市秦淮区夫子庙学宫东侧，地处夫子庙秦淮风光带核心区，是中国科举制度中心、中国科举文化中心和中国科举文物收藏中心。
已开放的部分场馆包括博物馆地下三层，地面上明远楼、至公堂、号舍、碑刻及南苑的魁光阁等，含11个展厅，是中国唯一一家地下式博物馆。
中国科举博物馆由江南贡院改扩建而成，江南贡院是中国古代最大的科举考场，鼎盛期可接纳2万多名考生同时考试，其规模之大、占地之广居中国各省贡院之冠，创中国古代科举考场之最。
博物馆东至平江府路、南至贡院街、西至金陵西路、北至建康路，总占地面积约6.63万平方米。
8、南京地质博物馆
位于南京市玄武区珠江路，建于1935年，原名中央地质调查所地质矿产陈列馆，是中国历史最悠久的自然科学博物馆之一，也是中国第一个以地质矿产为主要内容的专业博物馆。
其前身是1913年成立于的中央地质地质调查所矿产陈列室，是中国地质科学的发源地，也是培养中国地质工作者的摇篮。
9、南京城墙博物馆
位于江苏省南京市秦淮区边营1号，毗邻中华门瓮城，总建筑面积12000平方米，是中国规模最大的地方城墙专题类博物馆。
2018年8月8日，南京城墙博物馆破土动工。2021年12月28日，南京城墙博物馆开放试运营。
10、雨花台烈士纪念馆
位于南京市雨花台区雨花台烈士陵园南端的任家山上，是一座既有传统民族风格且具现代气息的优美建筑。
纪念馆内设10个展厅，其中9个用于陈列展览革命烈士的事迹，宽敞明亮的展厅内按照中国共产党发展的四个历史时期为主线，串联各时期重要事件，以烈士牺牲时间先后为顺序，共陈列了127位牺牲在雨花台及南京地区的革命烈士的文物史料。
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南京大屠杀遇难同胞纪念馆位于南京市建邺区水西门大街418号。
侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆于1985年8月15日建成开放。经过30多年的建设与发展，已经成长为具有较高国际知名度的纪念馆。目前，纪念馆共展出近4000幅照片，9992件各类文物，262部影像资料，智慧而严肃地表达了暴行、抗争、胜利、审判、和平五大主题。
纪念馆内现存三处南京大屠杀“万人坑”遗址，分别展示了1984年、1998-1999年以及2006年发现的遇难同胞遗骸。2015年12月，“三个必胜”新展馆和分馆南京利济巷慰安所旧址陈列馆建成后，纪念馆总占地面积10.3万平方米，建筑面积5.7万平方米，展陈面积达2万平方米。
分布有7处广场、23座单体雕塑和一座大型组合雕塑、8处各种形式的墙体、17座各种造型的碑体。
场馆标志：
侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆馆标造型独特，设计新颖，标志融会了南京城墙和国家公祭鼎两种意象。设计者是南京艺术学院何方副教授。标志首先是古代南京城墙的造型，由城垛和长方形的城砖构成，城砖源自一块1：4比例的城砖。
这个城砖上面有斑驳的肌理，像是从战争中存留下来的伤痕累累的印记，代表了国破人亡的历史记忆和伤痛。城砖表示对战争中个体的尊重，城垛来表示这场战争发生地在南京。馆标也是国家公祭鼎的造型，双耳三足鼎在中国传统文化中是一个重要的礼器。
鼎是承载牺牲、肃穆庄严的重器。鼎的符号意义既代表国家公祭的价值和意义，也表现了中国在世界和平纪念馆中的专属性，也是以国之名表达对和平的呼吁。
这段民族伤痛是非常血腥和灰暗的，标志施之以古铜色的色彩，表示这段历史如铁一样的事实，表达中华民族不屈不挠、刚正不阿的精神，也代表我们对世界和平和伸张正义的呼吁。
以上内容参考：百度百科—侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆