玻璃主要是由石英沙熔融而成，其主要成分为二氧化硅；水晶是石英晶体，也就是二氧化硅晶体；这是两者间最本质的区别。因为天然的大块的石英晶体很少，所以，将某些透明度高的质量较好的玻璃也称作人造水晶（也有称光学玻璃）。
因为水晶为二氧化硅晶体，所以具有某些晶体才可能具备的物理特性，如压电效应（沿晶体某一方向施加压力时，在其垂直方向产生电压），偏光特性（光沿某一方向通过时产生偏振），硬度较高，热传导性能较好；晶体只能通过冷切割、研磨等方式加工，因为一旦高温，便可能破坏其晶体结构使特性消失。
而主要成分同为二氧化硅的玻璃，包括人造水晶（也就是透明度相当高的玻璃），只是混合物，所以不具备压电效应等各向异性的物理性质，硬度也比水晶低，因本身就是熔融产物，所以可以通过熔铸等方式加工。
无缺陷的水晶（石英晶体）难得，价格高；玻璃可以大规模融炼生产，价格自然低廉，但人造水晶由于生产要求较普通玻璃高，所以价格要高，但绝对低于天然水晶，这也是三者间的不同。
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