在医疗机构中，对重复使用的诊疗器械、器具和物品的处理有明确的基本要求。使用后首先进行清洁，然后进行消毒或灭菌，以确保卫生安全。对于特殊感染源如朊病毒、气性坏疽或不明原因传染病，应遵循WS/T 367第11章的规定进行专门处理。
耐热、耐湿的手术器械首选压力蒸汽灭菌，避免使用化学消毒剂浸泡。对于环境与物体表面，一般情况下先清洁再消毒，如遇血液、体液污染，则先去除污染物后进行清洁和消毒。
消毒产品需经卫生行政部门批准或符合标准技术规范，使用时需按照批准范围、方法和注意事项进行。消毒灭菌方法的选择依据物品感染风险的高低，如高危险度物品需灭菌，中低危险度物品则选择相应的消毒级别。污染微生物种类和数量也影响处理方式，例如，芽孢、孢子和特定病原体需采用高水平消毒或灭菌，一般细菌则可选用中低水平消毒。
消毒物品性质也影响选择方法：耐热器械首选压力蒸汽灭菌，不耐热物品可选用低温或特殊气体灭菌；表面消毒需考虑材料性质，光滑表面适合擦拭或紫外线照射，多孔表面则需浸泡或喷雾消毒。
用理化方法杀死一定物质中的微生物的微生物学基本技术。灭菌的彻底程度受灭菌时间与灭菌剂强度的制约。微生物对灭菌剂的抵抗力取决于原始存在的群体密度、菌种或环境赋予菌种的抵抗力。灭菌是获得纯培养的必要条件，也是食品工业和医药领域中必需的技术。