更换发动机后未备案，将面临一系列严重问题：车辆无法通过年检是首要后果。年检会核对车辆信息，发动机与备案不符将导致检验无法通过。其次，过户也会受阻，因缺少备案证明，发动机的合法来源难以证实，导致过户流程无法完成。
依据《机动车登记规定》第十条，更换发动机后的机动车所有人需向注册地车管所提出变更登记申请，这是避免问题和损失的必要步骤。因此，车主务必在更换发动机后尽快办理备案。
办理备案时，车主需准备齐全的文件，如车主身份证原件及复印件、发动机更换证明、发动机拓印号、汽车信息变更申请表、车辆行驶证和驾驶证等。这些文档是验证车辆信息真实性和合法性的关键证据，务必确保材料的准确无误和完整。
总的来说，发动机更换后的备案至关重要，它保障了车辆信息的合法性和真实性，同时避免了可能的困扰和经济损失。车主务必重视备案工作，确保其及时且准确进行。