广西医科大学附属口腔医院拥有多元化的科室设置，致力于为患者提供全面的口腔医疗服务。
口腔预防保健科成立于1996年，专为19岁以下青少年服务，配备有6张先进的口腔综合治疗台，由2名副主任医师、2名主治医师和2名住院医师组成，专注于预防口腔疾病和儿童口腔治疗，如窝沟封闭、氟化物防龋、ART防龋技术等。
作为重点科室，口腔颌面外科设有病房、门诊和实验室，有10台治疗台和1个手术室，64张病床和多间实验室。科内有4名主任医师、5名副主任医师及众多高学历医师，设备精良，涵盖正颌外科、口腔肿瘤和整形领域，达到国内外先进水平。
口腔病理科成立于1985年，由3名医生组成，配备先进的制片和诊断设备，提供常规病理活检、组织化学技术、免疫组织化学等服务，代表自治区最高水准。
放射科成立于1985年，拥有先进X线设备，能进行各种口腔和颌骨影像检查。急诊科成立于1999年，提供24小时口腔急诊服务，以及综合门诊医疗。
口腔内科作为重点科室，由4个专业科室组成，提供28张治疗台和国际先进的医疗设备，拥有一批技术精湛的医师团队。
手麻科专注于口腔颌面外科手术麻醉，配备先进设备，为手术提供保障。
特诊科面向特定群体，有主任医师和副主任医师，提供专门的口腔门诊服务。
口腔修复科作为一级科室，设有4个二级科室，提供多种复杂义齿修复项目，技术设备领先全区。
口腔正畸科成立于1993年，拥有一流的技术力量，能开展国内先进的矫治技术。
检验科成立于1993年，由2名医技人员组成，拥有先进医疗实验设备，为口腔诊疗提供精准检验支持。
未来，口腔医院将秉承求实敬业精神和对患者的关爱，持续发展，致力于实现21世纪人人享有口腔卫生保健的目标。
广西医科大学口腔医学院，附属口腔医院位于广西南宁市风景如画的青秀山下、美丽的南湖之滨，是广西目前口腔医学专业技术人员最多、专业最齐全、集医疗、教学、科研、预防保健为一体的三级甲等口腔专科医院。首批获得全国百姓放心医院的称号。