上海医科院校排名依次是：第一海军军医大学、第二上海中医药大学、第三上海健康医学院。
一、海军军医大学：
中国人民解放军海军军医大学（英文名Naval Medical University），简称海军军医大学，也称第二军医大学。
坐落于上海市，是首批国家“双一流”和军队“双重”学科建设院校、为国家“211工程”重点建设院校、是36个“国家生命科学与技术人才培养基地”之一、学校入选教育部“卓越医生教育培养计划”、国家生命科学与技术人才培养基地。
大学前身是华东军区人民医学院，1949年9月成立，1951年被命名为第二军医大学。历经变革，最终2017年转隶海军，定名为海军军医大学。
二、上海中医药大学：
上海中医药大学（Shanghai University of Traditional Chinese Medicine，SHUTCM），简称“上中医”，学校由上海市人民政府举办、由上海市教育委员会主管。其坐落于上海市浦东新区蔡伦路1200号。
学校是1949年新中国成立后的首批中医药高等院校，也是上海市人民政府与教育部共建的中医药院校，属于上海市重点建设的高校、国家教育部“人才培养模式创新实验区”和“特色专业点”建设高校。
上海中医药大学成立于1956年。1993年经国家教委批准，更改校名为上海中医药大学。2022年，学校入选国家第二轮“双一流”建设高校。
三、上海健康医学院：
上海健康医学院（Shanghai University of Medicine&Health Sciences）简称“上健医”，位于中国上海，是上海市属应用型本科高等学校。
入选教育部产学合作协同育人项目，为中国数字医疗产业联盟发起单位、中国健康医学教育PBL联盟牵头单位。
2015年，学校由原上海医药高等专科学校、上海医疗器械高等专科学校和上海健康职业技术学院合并组建而成。