参考文献标注了查重的时候仍显示红色的原因可能为：
1、判定为抄袭或重复引用
如果参考文献标注与已有的文献完全或部分相同，查重系统可能会将其标记为红色。这可能是因为标注与已有文献之间存在相似性或重复引用，被认为是抄袭行为。
2、标注格式错误
查重系统通常会检查引用标注的格式是否正确。如果参考文献标注格式有误，例如缺少作者、出版年份或标题等关键信息，系统可能会将其标记为红色。
3、自引用
如果在文献中引用了作者自己的其他作品，而没有适当标注和引述，查重软件可能会将其标记为红色。这可能涉及未经授权的自我抄袭行为，或者需要更详细的引用和引述。
4、重复发表
红色显示可能表示同一篇文章已经在其他地方发表或提交，或者与其他已发表的文章内容高度相似。这可能违反了学术期刊的出版伦理，需要进行进一步的审查和调查。
5、引用来源不规范
如果参考文献标注所引用的来源不被查重系统所认可或不符合学术要求，系统可能会将其标记为红色。例如，引用了非学术来源、不可信的网站或个人博客等。
6、文献数据库更新延迟
有时候，查重系统使用的文献数据库可能没有及时更新最新的文献信息。因此，即使标注是正确的，但数据库中尚未收录该文献，系统仍可能将其标记为红色。
知网系统正确识别出参考文献的自排查方法：
1. 有明显的“参考文献 ”标记，参考文献4个字独占一行，下面是各个参考文献条目；
2. 每个参考文献有明显的标号，标号可以是以下任意一种：【Num】、[Num] 、(Num)；标号内不要添加标点符号，例如：不要[Num.]或(Num、)等；
3. 标号可以是Word自动生成也可以手工书写；
4. 每个参考文献中最好有时间信息或者URL或《》书目信息；
5. 一条参考文献内及在此条参考文献没有结束时不要有手动换行或者回车符（即顺其自然，满行后会自动换行，请勿人为）。