事业单位虽都是为了社会公益目的而建立的，但其公益性质和市场化程度差异很大，收入来源的性质和渠道多样，目前推出的事业单位分类改革更是进一步加大了分化，事业单位会计制度也与一般企业不同，财务核算方法特殊，导致企业所得税计算时调整事项较多，增加了计算的复杂程度，如何依照税法要求正确和准确计算缴纳企业所得税，是摆在各事业单位财务人员面前的一大难题，再加上事业单位财务人员对税收法规不熟悉，使企业所得税计算不准确，不但会无意中漏交少交税款，还可能造成偷逃税款的严重后果。
一、确认经营性应税收入和支出
事业单位收入来源较多，其中部分收入与财政和公益属性直接相关不应交纳企业所得税，这也是事业单位与一般企业所得税计算的最大不同之处，正确划分收入类别，区分经营性应税收入和支出是准确计算事业单位企业所得税的前提。
（一）正确划分收入类别
事业单位收入是当年收到的各种类型资金，无论是财政性资金，还是其他资金收入，均应计入单位当年收入总额，只有一种情况特殊，即属于国家投入的资本金和资金使用后要求归还本金的除外。在计算企业所得税时，应首先按各类资金的性质结合税法相关规定进行分类，区分为不征税收入和经营性应税收入。
1.不征税收入
事业单位不征税收入的确定既是计算缴纳企业所得税的重点也是难点，将税法不征税收入和事业单位会计制度对比可看出，纳入预算管理的事业单位会计核算中的财政补助收入及上级补助收入与税法规定的不征税收入内容是基本一致的，准予作为不征税收入，事业单位的事业收入和其他非经营收入则不能简单认定，应对照税法规定具体分析是否纳入了财政管理，是否由税务主管部门或财政部门规定了专项用途。
2.经营性应税收入
经营性应税收入等于当年事业单位收入总额减去不征税收入。在确定应税收入时应注意，事业单位以独立经济核算单位为纳税人，可享受国家统一法规的税收优惠政策。各事业单位除了确认不征税收入不交企业所得税外，还可根据自己单位生产经营内容，积极向税务机关申请统一规定的减免税政策，免交企业所得税。
二、事业单位会计制度与税法差异调整
在正确划分经营性应税收入和支出后，应对税法与事业单位会计制度差异进行调整，这里仅阐述事业单位会计与税法特有的差异。
（一）收入支出确认原则差异调整。
（二）固定资产、无形资产、累计折旧和累计摊销等会计核算调整。