穿山甲以白蚁为主，亦食黑蚁、蚁的幼虫和其他昆虫的幼虫。觅食时，先用前肢的长爪抓住蚁巢，然后用嘴插入蚁洞内，用黏性及善于伸缩的舌头舔食白蚁或其它蚁类。据科学观察，在250亩林地中，只要有一只成年穿山甲，白蚁就不会对森林造成危害，可见穿山甲在保护森林、堤坝，维护生态平衡、人类健康等方面都有很大的作用。
穿山甲穿山甲平时独居于洞穴之中，只有繁殖期才成对生活。与洞穴生活相适应，穿山甲有爱清洁的习性，每次大便前，先在洞口的外边1~2米的地方用前爪挖一个5~10厘米深的坑，将粪便排入坑中以后，再用松土覆盖。
穿山甲往往选择坡度为30~40度的山坡筑造洞穴，很少在较为陡峭的地方，也不在平地上。洞穴的结构也很有讲究，常常随着季节和食物的变化而不同，一般有两种主要形式：一种是夏天住的，叫做夏洞，建在通风凉爽，地势较高的山坡上，以免灌进雨水，洞内隧道较短，大约为30厘米左右，里面结构比较简单；另一种是冬天住的，叫做冬洞，筑于背风向阳，地势较低的地方，距地面垂直高度有4米多，每隔一段距离还有一道用土堆起的土墙，长度可达10余米，还经过二、三个白蚁的巢，成为其冬季的“粮仓”，洞的尽头有一个较为宽敞的凹穴，里面铺垫着细软的杂草，用以保暖，是其越冬期的“卧室”，也用作“育婴室”。
穿山甲的力气很大，如果在洞口抓住它的尾巴，很难把它从洞里拉出来。擅长挖洞，一天可以挖一条5米深，10余米长的隧道。每小时可以挖土64立方厘米，所挖出的泥土的重量相当于它的体重。为了适应洞穴里氧气不足的环境，穿山甲的耗氧量大大小于其他哺乳动物。
穿山甲发情期雌雄同居，交配后即分开，幼仔由雌兽培育。一般在每年的4~9月间交配，冬末或春初产仔，每胎1~2仔。出生后的幼仔体重仅有100克左右，身体是白色的，没有鳞甲，眼睛也不能睁开。半个月后体重增至250克左右，眼睛可以睁开了，一个月后才慢慢长出淡色柔软的甲片，以后逐渐变硬，并变为暗褐色。两个月后，小穿山甲就常常爬伏在雌穿山甲的背上，跟随母亲四处活动觅食，直到半年以后，才开始独立生活。