香港地铁收费分成人及特惠两种。12岁以下的小童、65岁或以上的长者、12-25岁的全日制学生才可使用特惠票。3岁以下的小童则可免费乘搭。不同于其他不少地铁系统，香港地铁收费并非划一，而是根据路程长短而定。所乘搭的站数越多，收费就会越高。一般路线的成人单程收费由3.8港币至14.1港币不等。特惠票价约为成人票价之一半。
付款方法有3种：八达通、单程票及旅客票。 香港地铁于2006年3月，每日乘客量超过245万人次，成为世界上最繁忙的铁路系统之一。
香港地铁在大部分日子提供每日19小时的列车服务，大约由上午6时至午夜1时，非行车时间则进行轨道及轨旁维修工程。在一些假期，例如平安夜及大除夕，地铁更会通宵行走。 香港地铁一直都举行不少活动，确保乘客注意使用地铁时的安全。例如在各个地铁车站内有不少海报，月台及车厢亦有广播提醒乘客。此外，地铁引入附例来防止乘客进行不当或危险的行为，例如禁止携带易燃物品，违规者可被罚款甚至入狱。值得留意的是，地铁禁止携带金属气球进入车厢范围，以免影响架空电缆运作。
由2002年8月起，香港地铁开始引入月台幕门到各个地底月台，已于2005年10月全部完成。而东涌线、机场快线及将军澳线在落成时均已装设了月台幕门。月台幕门能防止乘客堕轨，及防止月台的冷气流失。
由于迪士尼线，东铁线，以及其他空架车站设计为开放式，并无安装空调设备，则引入月台闸门。月台闸门的高度只有1.5米（约月台幕门的一半）。月台闸门能防止乘客堕轨，成本亦较便宜，无需顾及车站设计。
每个月台两端均有压力感应器，一旦有人经月台两端的楼梯步行到路轨，感应器便会传送信号到站长室，通知职员。此外，每个月台都设有紧急停车掣，防止有人堕到路轨而被列车辗过。
东铁线的车站开始进行月台边缘拉直工程，稍后会安装月台闸门。
